可以采用手术的治疗方法，对于散在的比较小的宫颈腺囊肿一般不需治疗，只要每年检查即可。对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗。对于较大的突出于宫颈表面的，可考虑电刀切除治疗。
闭经后囊肿可以缩小，但不会好，停药后又会生长。一般巧克力囊肿和来月经就有一定的关系等不来月经的巧克力囊肿慢慢会萎缩的。及时进一步检查确诊是否有可能是妇科恶性疾病的情况以便及时做出正确的处理方案。
巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
巧克力囊肿院行腹腔镜手术，现医院检查发现复发，卵巢巧克力囊肿特点就是容易复发，特别是对于年轻女性。饮食上没有特别需要注意的，少吃点豆制品，如果巧囊不大，可以不用治疗，如果巧囊大了，可以再次考虑手术剥除。
巧克力囊肿炎性囊肿的治疗方法，是要看囊肿的大小来决定怎么治疗的。如果是因为巧克力囊肿导致的不孕不育，那么可以手术切除。也可以到促排卵，增加怀孕几率，具体需要看囊肿的大小来综合治疗。