疱疹性咽峡炎的疱疹只在口腔内部，这是与手足口病的最大不同。而手足口病的儿童，大部分都是从喉咙开始出现疱疹，然后发展到四肢和四肢，很少会出现在四肢和背部，并伴有发热。
皮疹通常是米粒或绿豆大小，皮疹周围有红的灰色小疱疹或红色丘疹，不痛不痒，也不会结痂。另外，咽峡炎除了有细菌感染外，一般不会有脑炎等并发症。少数儿童患有手足口病，可造成心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜炎等并发症，尤其是重症儿童，病情进展迅速会造成死亡。
宝宝疱疹性咽峡炎高烧不退可以使用物理降温法进行散热降温，另外平时一定要注意多让宝宝喝水，加快体内新陈代谢，可以口服退烧的药物，平时饮食要以清淡为主可以喝一些果汁，蔬菜汁补充维生素。
疱疹性咽颊炎和口腔溃疡的发生主要与免疫力低下，维生素缺乏感染，有关溃疡具有自限性，一般7~10天可以自愈，平时多吃蔬菜，水果补充维生素，提高免疫力，可以减少口腔溃疡的发生。疱疹性咽峡炎一般会有发烧的症状，具体病症还需要到医院进行进一步的确诊后进行治疗。
疱疹性咽峡炎和手足口病具有一定的关联性，因为这两种疾病都是以肠道病毒感染为主的一种传染性疾病，多见于小儿，发病率比较高的都是一些小儿童，它主要表现都是有口腔的疱疹，但是手足口病除了有口腔疱疹，它还容易合并手足或臀部的皮疹，另外两种疾病都有可能会表现有发热，然后拒乳、烦躁不安，或者是流涎，或者是饮食明显的变差的情况。
疱疹性咽峡炎可有咽痛，发热，咳嗽，检查可见咽部疱疹，抗炎抗病毒治疗有效，初选哮鸣音考虑初选支气管哮喘或者喘息性支气管炎可能，需要雾化吸入治疗，还需坚持输液治疗，去医院进一步检查，明确病情，合理治疗，做好护理，避免出现喘憋。
疱疹性咽峡炎和手足口病主要区别在于临床表现不一样。疱疹性咽峡炎主要是肠道病毒感染，临床常表现为高热，口腔咽峡部出现很多疱疹，常伴随有剧烈的咽部疼痛，吞咽困难，进食比较困难，流口水也增多。而手足口病主要发生于夏季，也是由肠道病毒感染所导致，常表现为手、足、臀部等部位的皮疹。