来月经肚子疼、腰疼，可能是痛经、胃炎、宫颈炎等原因引起的。如果是痛经引起的可以吃布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片、妇科千金片等进行治疗，如果是胃炎引起的，可以使用奥美拉唑肠溶片、铝碳酸镁咀嚼片、雷贝拉唑钠肠溶片等药物进行治疗。如果是宫颈炎引起的，可以使用注射用头孢唑肟钠、阿奇霉素胶囊、注射用盐酸大观霉素等药物进行治疗。
来月经肚子疼腰疼在不影响正常工作和学习的情况下是正常的，因为通常在月经来潮前，由于盆腔内有淤血可能会导致小腹坠痛、腰酸困。建议女性在月经期间要注意保暖，如果腰疼的情况比较厉害，可以去医院检查是否合并有其他的疾病，查明病因后对症治疗，在月经期间避免吃辛辣的食物，避免吃生冷的食物，饮食尽量温软易消化，同时避免受凉。
一般情况下，来月经肚子疼、腰疼是痛经的表现，可以通过药物进行改善。痛经分原发性痛经和继发性痛经，一般原发性痛经没有器质性病变，而继发性痛经一般是继发于某些疾病，常见的有盆腔炎、子宫内膜异位症等。原发性痛经可以适当吃中成药，如散结镇痛胶囊、芬必得、乐松等，还可以在肛门上双氯芬酸钠栓，能够改善症状。
继发性痛经患者首先要治疗原发疾病，如果是盆腔炎，可以在医生的指导下吃妇科千金片、桂枝茯苓胶囊等。如果是子宫内膜异位症，患者可以在医生的指导下吃丹莪妇康煎膏。如果患者没有生育要求，也可以上曼月乐环，严重时，还可以在医生的指导下进行子宫切除。
经期由于盆腔充血以及前列腺素的作用，有些妇女会出现下腹及腰髄部下坠不适或子宫收缩痛，并可出现腹泻等胃肠功能紊乱症状。少数患者可有头痛及轻度神经系统不稳定症状。
首先要考虑的是盆腔炎、子宫内膜异位症、子宫内膜炎、子宫肌瘤等都是导致这种情况的原因，此外在来月经期间要避免吃生冷、寒凉、辛辣刺激性的食品，不要用冷水洗澡，要注意要保暖，可以适当的使用温水进行热敷，可以多饮生姜红糖水，也可以用艾叶泡脚等。
通常情况下，来月经肚子疼腰疼还涨可能是盆腔充血引起的。
女性在经期的时候，盆腔内的血液会慢慢的变得黏稠，使其分泌的激素水平会增加，从而造成局部的肌肉收缩，血管的痉挛，从而产生一种缺血、低氧的症状。同时，随着前列腺素的增加，会导致心血管、消化道等疾病的发生。也可以认为是由于体内的压力素，如内源性的收缩激素等，也有一定的心理和心理的原因。
来月经肚子疼、腰疼、恶心，一般是痛经引起的。大多数发生在未婚、未育的女性，这部分女性通常子宫颈较细、狭窄，子宫腔也相对较小，一旦月经来潮，子宫内膜脱落，颈管引流不畅，经血和脱落的子宫内膜碎屑一般会对子宫痉挛造成一定刺激，从而释放大量的前列腺素，导致血管收缩，出现来月经肚子疼、腰疼、恶心的情况。有些还可能出现冷汗、呕吐、晕厥等情况。