肛瘘一般自己不会好，要进行手术治疗。急性炎症期或慢性复杂性肛瘘，可伴有全身症状，如发热、贫血、消瘦和食欲不振等。肛瘘的治疗以手术为主。肛瘘一旦形成就没有自愈可能，具体多长时间好主要还与肛瘘轻重有关。
肛瘘和痔疮是完全两种性质的疾病。痔疮是血管性的疾病。痔疮是肛门毛细血管扩张形成痔核，在便秘时容易因摩擦出血。而肛瘘是一种感染性的疾病，主要是大肠杆菌引起的软组织的感染，痔疮的症状主要是便血，疼痛，质地偏软。肛瘘主要症状是流脓，疼痛，质地偏硬。
痔疮和肛瘘是肛肠科常见的两大疾病。轻度的痔疮，可以保守治疗，避免进食辛辣刺激的食物，加强肛门周围局部的清洗，注意卫生以及肛门周围应用痔疮膏等方法，如果是严重的痔疮，痔核突出肛门外不能还纳，伴有局部的疼痛，或者是出血的时候，需要手术治疗，手术需要完整的切除痔核，定期的换药，肛瘘是直肠周围有瘘口，沿着瘘口在直肠内往往可以找到内口。如果是胃内口比较浅，在齿状线以下，则行肛瘘的完整切除。
早期痔疮不严重可以服用药物或者局部使用专业药物治疗。严重时需要手术治疗。肛瘘可以西医手术治疗：肛瘘不能自己好，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐恢复。
少吃辛辣食物、少饮酒，避免长期肠道刺激致长期腹泻;避免久站、久坐，坐位超过1小时后可适当活动一下，或做几次提肛运动;避免长时间如厕，排便时不看报纸杂志、手机等，尽量将排便时间控制在5分钟之内。