卵巢囊肿除了生理性囊肿外，其他的卵巢囊肿都不会自行消失，需要通过吃药或手术治疗。生理性囊肿直径小于5cm，大部分为滤泡囊肿和黄体囊肿。是不需要进行治疗的，大部分是月经不规律引起的。
卵巢囊肿会有自己消失的情况。卵巢囊肿根据其大小及性质分为赘生性囊肿和非赘生性囊肿。前者体积较大，一般直径大于5cm，多为病理性增生，不会自己消失，后者多为生理性增生，囊肿体积较小，直径很少超过5cm，囊壁薄，囊液清亮，多会自行消失。
卵巢囊肿分生理性和病理性，生理性囊肿会随着月经周期而发生不同的变化，3-6个月会自行消退或缩小；如果是病理性囊肿则要对症治疗，一般如果囊肿小于6厘米需要先观察，定期到医院复查，大于6厘米就需要住院手术治疗了。
卵巢囊肿一般是属于生理性的，是由于发育成熟的卵泡没有排造成的，是有可能会随着月经周期的改变而消失的，多注意休息，不要太劳累，尤其是不要剧烈的进行活动，剧烈的进行活动，有可能会发生卵巢蒂扭转的，有一定的危险性，是需要进行手术的。
囊肿直径小于4-5cm，有时候就会发现囊肿消失了。这种囊肿叫生理性囊肿，与卵巢排卵有着密切的关系。卵巢每个月经周期都要排卵，在排卵过程中卵巢会发生变化，可能会形成黄体囊肿、滤泡囊肿等，这些囊肿通常会在月经来潮时消失。所以，在2~3个月后月经刚刚干净时复查，就会发现囊肿消失了。除了生理性囊肿外，其他的卵巢囊肿都不会自行消失，需要通过吃药或手术治疗。
功能性囊肿也会自行消失，而且还不用等到绝经后，在生殖年龄的女性当中相当普遍。异常量的液体聚集在滤泡内或黄体内，形成滤泡囊肿或黄体囊肿。这种功能性囊肿有时会很大，但不管用药与否，通常会在三个月内自行消失。