应根据年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；症状及病变均严重的无生育要求可行性手术。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。
巧克力囊肿的严重症状有生理期痛经。很多女性一到生理期就会有很强烈的痛经状况，有些还是随着年纪加重疼痛，月经不调。月经周期不规律，月经量过多或者减少，月经时间拖得很长，出现腹膜炎。子宫内膜出先炎症，引发内膜囊肿，使得子宫内壁薄弱溃烂，无弹性，经血淤积流入腹腔，导致腹膜炎。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，白带增多、色黄或是有异味有的时候也可出现白带夹有血丝的症状，尤其是会出现性前时疼痛出血等症状。发现有这些症状尽早去医院就诊，避免病情加重。
晚期恶性巧克力囊肿症状表现为恶病质。妇科检查阴道后穹窿处有散在的硬结节。大多数肿块为横向、固体或半固体。表面凹凸不平，固定，常伴有血性腹水。有时肿大的淋巴结可在腹股沟触及，在腋下或锁骨。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。