药流三天后孕囊还没完全排出需要去医院清宫治疗，以免出血过多。流产后要注意休息，不要吃辛辣刺激的食物，不要过度活动，注意外阴卫生，尽早去医院做清宫术，术后在医生指导下进行药物治疗。
药物流产需要在怀孕七周以内，不超过49天是可以做药物流产的，并且效果比较好。如果孕囊没有排出，需要进行彩超检查。如果孕囊确实还在宫腔内，可能是药物清除不了，清除不了也是需要做手术治疗的。
如果用药物流产孕囊没有排出，还是到医院进行清宫治疗，以免出血过多对身体造成伤害，如果药流孕囊没有排出，可能会出现腹部疼痛或者大出血等情况，严重时会威胁到女性的生命。
孕囊偏小，可以增加营养，观察胚胎发育情况，如果正常的时期出现胎心、胎芽发育都很好，只是妊娠囊偏小也问题不大。一定要保持愉悦的心情，合理补充微量元素，如果在怀孕期间，一切检查项目都很正常，宝宝就没有问题的。
一般情况下，药流后平时流血量逐渐下降，血块通常仅于药流前3天排出，3天后通常仅有少量褐色血液。药流后第5天应注意观察是否有出血现象，如果有出血现象，要及时去医院检查治疗，以免造成不必要的麻烦和痛苦。建议服用益母草胶囊或葆宫止血颗粒以促进子宫收缩，使血液回流到宫腔。如果服用药物后为缓解，需要及时清宫。
如彩超检查提示孕囊或胎芽未排出，可于早晨及下午置药，如两次置药无明显疗效，应当进行人流手术，俗称清宫，以排出孕囊。如药流后子宫内残留的脱膜组织或血块大于2cm，且超过半个月，应当进行清宫操作，如脱膜组织或血块小于1cm，建议进行缩宫术，服用人工流产药物5天，服用避孕药21天，正常月经来潮后3-7天进行复查。