手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症导致的，是因为一位的子宫内膜随着月经周期发生周期性出血，但是血液无法正常排出，所以局部会出现肿大和疼痛，囊肿内的血液因为长期不能排出呈巧克力状。巧克力囊肿一般选择的是腹腔镜手术切除，属于微创手术，术后身体恢复较快，费用2千-3千元。
卵巢巧克力囊肿治疗费用在2000元-4000元。巧克力囊肿就是子宫内膜异位症引起的，对于巧克力囊肿的治疗，包括药物治疗和手术治疗，除了进行治疗的手术以外，其他的治疗方式都是有可能会复发的。巧克力囊肿的治疗费用，根据所处地区消费水平不同，就诊医院的级别和性质不同。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢部位发生的一种病变，会出现腹痛和痛经，应及时到正规的医院检查和治疗，在治疗期间要注意少食辛辣食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
正常卵巢囊肿不治疗，自己好的可能性很小，特别是年轻女性激素活动频繁，更降低囊肿的自愈几率。如果不治疗可能会变大，卵巢囊肿万一变大，就可能使下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位的一种。一般药物治疗是没有什么效果的，目前看是囊肿不大，可以先观察，暂时不用手术治疗，只要是没有明显增长就没事。建议平时养成良好的生活习惯，不要熬夜，适当锻炼，月经期不要同房，避免发生阴道炎或是加重病情。