大部分不需要特殊的治疗。如果囊肿比较大，想要治疗，可以用利普刀治疗或与单纯使用针刺破流出囊液就可以。宫颈囊肿，是宫颈上腺体的开口被阻塞，导致腺管内的分泌物不能排出引起的，好比脸上的青春痘一样。宫颈囊肿可大可小，可以单个也可以多个存在，一般是良性的。
腱鞘囊肿可以通过手术根治。
腱鞘囊肿是一种与长期劳损、结缔组织退行性变相关的慢性疾病，主要表现为体表包块、酸胀感、关节活动受限等，还有部分患者可能不会出现明显的症状。建议可以通过长期的观察来避免局部的重复刺激和摩擦。腱鞘囊肿逐渐增大，并有压迫神经血管的表现，可以用手指挤压，或者是穿刺取出液体注入激素，需要手术切除。
如果是单纯的卵巢囊肿，小于四厘米的，可以不用治疗，机体能够自己吸收。如果是大于四厘米或者为巧克力囊肿，可以考虑手术或者介入治疗。一般手术治疗可以剥除囊壁，介入疗法创伤小，但是有一定的复发率。目前病患不用太担心，调整好心情，生活规律一些，增强营养。
如果是已经形成了肛瘘，就要立即手术，因为时间长了，容易形成多个瘘管，增加手术的复杂性和痛苦。越早手术越好，因为这与医生的技术和经验有很大关系，所以要到正规的肛肠专科医院手术治疗，这样能很快得到治疗。还不复发。
绝对要忌酒，过度劳累会耗伤中气，不可过劳，避免久坐，不可憋尿以及防止受寒等，另外经常参加文体活动及气功锻炼等，有助于减轻症状，要少食辛辣，饮水过少不但会引起脱水，也不利排尿对尿路的冲洗作用，所以要适量饮水。
