药流三天后孕囊还没完全排出需要去医院清宫治疗，以免出血过多。流产后要注意休息，不要吃辛辣刺激的食物，不要过度活动，注意外阴卫生，尽早去医院做清宫术，术后在医生指导下进行药物治疗。
药物流产需要在怀孕七周以内，不超过49天是可以做药物流产的，并且效果比较好。如果孕囊没有排出，需要进行彩超检查。如果孕囊确实还在宫腔内，可能是药物清除不了，清除不了也是需要做手术治疗的。
如果用药物流产孕囊没有排出，还是到医院进行清宫治疗，以免出血过多对身体造成伤害，如果药流孕囊没有排出，可能会出现腹部疼痛或者大出血等情况，严重时会威胁到女性的生命。
孕囊没有排出来，可以再做清宫。孕囊没有排出来，是药物流产失败，不用再继续口服药物了，可以直接再做清宫。清宫和人工流产是差不多的，对子宫及内膜有一定的创伤。注意观察阴道出血情况，注意保暖避免着凉，合理饮食，忌盆浴，忌性生活，注意外阴卫生。
如彩超检查提示孕囊或胎芽未排出，可于早晨及下午置药，如两次置药无明显疗效，应当进行人流手术，俗称清宫，以排出孕囊。如药流后子宫内残留的脱膜组织或血块大于2cm，且超过半个月，应当进行清宫操作，如脱膜组织或血块小于1cm，建议进行缩宫术，服用人工流产药物5天，服用避孕药21天，正常月经来潮后3-7天进行复查。
如果没有看到孕囊可能是药流失败了。需要去医院做B超检查做人流的。用药以后，宫颈口比较松，做流产也比较容易的。痛苦也比较小。流产后需要保养好，预防感染，避免着凉，禁止性生活一个月。如果不要孩子，以后一定做好避孕措施。