怀孕初期出现咖啡色分泌物可能是流产的征兆。流产是怀孕初期的常见症状，所以怀孕初期要注意休息，避免剧烈活动，避免同房，减少流产几率。如果出现咖色分泌物，一定要及时进行保胎治疗，同时还要做超声检查，确定是否有保胎的价值。如果只是有少量褐色分泌物，不会有腹部疼痛的感觉，可能是因为怀孕初期体内雌性激素分泌量增多，出现褐色分泌物。
一般来说，来咖啡色分泌物可能是炎症、正常现象等引起的。
分泌物呈咖啡色的原因分为两种。第一种是炎症疾病，可能有霉味，通常是阴道炎、子宫内膜炎等炎症疾病造成的。女性应及时到医院诊治，避免出现盆腔炎、子宫癌、宫颈癌等疾病；第二种情况是正常现象，通常是女性经期快结束，而宫腔内的经血还未完全排出，可能会造成少量经血流出，此时的经血是陈旧性的，所以呈褐色或咖啡色。
怀孕初期有咖啡色分泌物可能是有先兆流产或者是宫外孕的情况。最好到正规的医院进行B超检查，检查孕囊的生长状况，以确定有没有宫外孕的可能，用HCG检查孕酮水平。孕激素过高可以通过服用黄体素，也可以通过肌肉注射来进行保胎。日常生活中要注意保持营养均衡，不要吃辛辣和刺激性的东西。别太辛苦了，这段时间可以躺在病床上。禁止做爱。注意阴部的卫生，要注意保持良好的情绪，避免出现炎症。
月经中期出现咖啡色的分泌物，考虑是不规则的阴道出血，多半是排卵期出血。如果持续时间短，出血量少，一般不需要处理，如果持续时间长，考虑是体内的黄体功能不足。
建议在医生的指导下应用黄体酮月经后半周期治疗，也可以考虑应用妈富隆全程治疗。治疗时间为1到3个月，如果流血时间超过一周，要考虑适当的应用抗生素预防感染。
怀孕出现咖啡色分泌物是由于以下原因导致的。
如果女性在怀孕时，阴道出现流血的状况，在宫腔内滞留时间长，经过阴道酸碱环境就会变成咖啡色的分泌物，是需要及时去往医院进行超声检查的，如果病情严重，有出血的症状，需要在医生的指导下进行保胎治疗。
建议患者在日常生活中要注重清洁卫生，勤换洗内裤，还需要避免剧烈运动。
妊娠后流出咖啡色分泌物，说明出血较少，此出血可来自宫腔、与妊娠有关、与妊娠胚胎或胎儿关系密切、可为流产或先兆早产或足月临产。
如伴腹痛则提示有不同程度宫缩，此出血与妊娠相关，需严密观察或进一步检查，行超声检查可明确宫内妊娠情况，妇检可判断或知道出血部位。少数病例可能为与妊娠无关之出血，例如阴道之炎症、宫颈之病变（例如宫颈之息肉、宫颈癌）都会造成咖啡色分泌物外流。