排便时肛门疼痛，而且定位十分明确。常常是肛门后位多见，还会伴有肛门异物感、不适和肛管下坠感及肛门脓性分泌物。肛窦炎进一步发展的结果，主要表现为肛周疼痛逐渐加重，酿脓时呈鸡啄样痛，伴恶寒发热等症，血常规检查白细胞计数明显增多，中性粒细胞亦升高。
肛窦炎早期症状有：肛门处有不适感，还有隐痛感，排便后加重，大便会带有血性粘液，肛乳头肥大时还可脱出肛门，此外，还会伴有肛门异物感、肛门下垂感和肛门脓性分泌物。一旦发现有这些症状，需要及时去医院进行相关治疗，以防病情恶化。
肛窦炎的症状主要是大便是出现肛门疼痛或者肛门异物感、不适和肛管下坠感，还有部分病人肛门内间歇性疼痛出现灼热感、排便时肛门也常有少量粘液和鲜血排出，或者排出一些脓性的分泌物。
由于肛窦的解剖及生理特点，其窦口向上，积存的粪便残渣及脓汁不能完全排出，肛门部下坠感有便意，但去厕所却解不出或者解很少大便。肛门处不适感和隐痛，排便时加重。可以温盐水坐浴局部，使局部保持清洁。
肛窦炎会引起大便次数增多、里急后重等症状。在肛管直肠炎、肛窦炎与肛乳头炎初期，病人往往有排便不尽感、肛内异物感及下坠感。肛管直肠炎、肛窦炎可引起的肛门部瘙痒。主要原因是由于炎症性渗出物对肛门刺激所引起，肛门常较正常人潮湿。