非淋菌性尿道炎可引起一系列并发症。可造成性功能障碍，如性欲减退、阳痿、早泄等，男子不育，植物神经功能紊乱，如烦躁易怒、精神萎靡、失眠多梦乏力等。非淋菌性尿道炎合并附睾炎者，会导致梗阻性无精子症，造成男性不育。另外，非淋菌性尿道炎还会导致睾丸炎、输精管炎等疾病。
非淋菌性尿道炎肛门坠，25岁以下占60%。男性可合并附睾炎，附睾肿大，发硬且有触痛，有的还可合并睾丸炎，前列腺炎等。女性可并发官颈炎，宫颈炎症和糜烂，分泌物增多，阴道及外阴瘙痒采用广谱抗生素疗法，并且强调要连续不间断用药，要规则、定量、彻底治疗。治疗后10－20天复查再次均为阴性，并用临床症状消失。本病治疗时所需的疗程较长。
非淋菌性尿道炎患者通常可以通过使用药物、日常护理等进行治疗。
1.使用药物：非淋菌性尿道炎患者可以在医生的指导下使用四环素类、大环内酯类等药物激进行治疗，一般能有效地控制患者的病情。
2.日常护理：非淋菌性尿道炎患者应注意休息，保证充足的睡眠，避免搔抓患处。
非淋菌性尿道炎能治。
非淋球菌性尿道炎是可以治疗的，而非淋球菌性尿道炎则是因为在性生活中发生了不洁的性生活，或是在性行为后被沙眼衣原体、支原体等因素所致。常出现尿频、尿急、尿痛、尿道口有黄色的稀疏的分泌物等症状。可以口服广谱抗生素，一般10多天。在用药过程中要注意合理使用阿奇霉素、红霉素等抗生素，可以在症状完全消失后及时停用。还可以在医生指导下服用八正散、龙胆泻肝汤等中药，具有清热利湿、活血解毒的作用。中医在改善患者的临床表现、加速病情的同时，也能提高药物的疗效。
非淋菌性尿道炎通常不会自己好。
非淋菌性尿道炎主要是沙眼衣原体和支原体等引起的一种性传播疾病，患者会出现尿道口刺激发痒、分泌物增多、尿频等症。临床上，非淋菌性尿道炎患者通常无法自愈，需要积极进行治疗。患者要到医院进行分泌物检查，在医生的指导下服用相应的抗生素。
非淋菌性尿道炎一般可以治愈。
经过积极、合理、正规的治疗，非淋菌性尿道炎的感染通常可以被控制，但是比较容易复发。感染后如果治疗不及时，可引起泌尿生殖系统并发症，影响患者身体健康和生活质量，严重者可影响生育。
非淋菌性尿道炎的疗程较长，容易加重心理负担，因此患者需要保持乐观的心态。