肛瘘手术主要是清除内口以及瘘管，术后创面相对比较大，所以术后创面的分泌物也相对比较大。术后十天都可能存在肛门潮湿，在术后应该坚持用复方苦参洗剂坐浴，注意肛周部位的干燥卫生，以免诱发肛门湿疹。应该多食用一些富含优质蛋白的食物。
肛瘘手术以后可能由于内口的位置比较高，刺激了肠道，引起肠道痉挛，就会引起频繁的。放屁的症状，只要肛瘘手术以后的创面完全愈合了就不会了。可能需要两到四周的时间。
肛瘘的主要症状是局部流脓，湿痒及疼痛。初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
高位单纯肛瘘手术后是不会痛的，因为手术修补后，大便时没有粪便从内口进入瘘管。一般高位肛瘘是无疼痛感的，仅觉肛门口坠胀不适，只要当脓液引流通畅后肿痛马上减轻。有时可因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便时疼痛加剧。
伤口已经完全愈合，红色的部分是术后形成的疤痕组织。不过肛瘘手术，不止是外部有伤口，内部也有创面的，所以，至于是不是已经完全愈合，还是要看一下内部的创面。对于肛瘘，只要是把内外口及瘘道处理干净，一般是没有什么问题的，一个月的时间，创面应该已经差不多完全愈合了。