卵巢囊肿是有可能影响怀孕的，卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，当卵巢受到破坏时是会造成不育的，如果同时伴有进行性加重的痛经及性交痛、盆腔有触痛性结节，则应考虑子宫内膜异位症（即巧克力囊肿），采取不同的治疗。
卵巢囊肿可能会引起月经失调和不孕。
由于受到卵巢激素分泌的影响，可能会引起卵巢囊肿，存在引发月经失调和不孕的可能性。比如，性索间质的卵巢肿瘤通常会分泌雄激素、雌激素等激素，可能引起卵巢囊肿，还可能导致女性体内的雄激素水平过高，进而对女性的生殖功能产生一定的负面作用，导致女性无法正常怀孕，也会影响月经的正常来潮。不过经过治疗后，这种情况通常会有所改善。因此，女性要注意积极接受治疗，以免影响身体健康。
卵巢出现囊肿，大部分囊肿是由于卵巢的正常功能发生了改变而引起的，所以大部分卵巢囊肿都是良性的。但是如果囊肿性质发生恶变，就成了卵巢癌。卵巢囊肿的治疗方式取决于年龄，症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度。造成子宫附近的变形情况。一般采取不同的治疗措施。治疗卵巢囊肿一般采用手术切除，但是多数病人不愿接受，因费用高、留伤口。
通常来说，卵巢囊肿手术后要休息一个月左右。
卵巢囊肿是卵巢内或其表面形成的囊状结构，一般不会对人体造成损害，大多数患者的可自行消失，但部分患者的囊肿可不断增大，引起下腹部不适、月经异常等，可以通过手术进行治疗，比如卵巢囊肿剔除术、单孔腹腔镜下卵巢囊肿剥除术、卵巢切除术等；也可以使用药物进行治疗，比如头孢拉丁胶囊、左氧氟沙星片等，通常来说，卵巢囊肿手术后要休息一个月左右。
一般情况下，左侧卵巢囊肿是否会不孕需根据实际情况来判断，具体内容如下：
彩超显示有卵巢囊肿是左边的，要看囊肿的大小和类型。女性在女性体内排卵后，左侧卵巢囊肿低于三公分，一般不会对妊娠造成什么不良反应。如果是左边的卵巢有不规则的回音，或是出现了分格，又或是进行性的痛经，那么就需要怀疑是巧克力囊肿的表现。
一侧卵巢囊肿通常不会不孕。
女性生殖器官的肿瘤是卵巢囊肿，与生活不规律、经常性熬夜、内分泌紊乱等原因引起的，但是并不会对女性的生理周期和排卵造成一定的负面影响。需要注意的是，在怀孕期间出现了卵巢囊肿，需要在主治医师的指导下进行治疗，等病情完全稳定之后才能生育，可以口服药物联合微波局部理疗，也可以考虑外科手术，否则怀孕时囊肿会变得越来越大，从而导致怀孕。