通常情况下，在怀孕早期出现肚子疼腰疼考虑是先兆流产引起的。
在怀孕早期，在雌激素和孕激素的刺激下，孕妇会出现腰酸腹痛的症状。随着胚胎的发育，子宫逐渐增大，子宫肌肉纤维受到牵拉，也会导致下腹部不适。建议孕妇在怀孕早期，口服叶酸片来预防前往胎儿的神经管畸形。如果出现腹痛加重，并伴随阴道见血，要及时前往医院就诊。
孕40多天如果肚子痛、腰痛，有可能是先兆流产，也有可能是宫外孕导致的腹部疼痛，腰部疼痛。可通过如下方式改善：
1.建议及时到医院做血液hcg值、妇科彩超等检查；
2.如果是宫外孕，建议立即入院，可以通过口服米非司酮、甲氨蝶呤等药物进行保守治疗。可以选择手术切除病变一侧的输卵管，也可以选择做怀孕的清除术。
3.如果是宫内孕，可以多休息，服用保胎灵、黄体酮胶囊等药物。
腰疼引起肚子疼的原因如下：
腰椎间盘突出、椎管狭窄、腰肌劳损等腰部疾病，一般不会引起腹部疼痛，但是腰椎压缩性骨折容易引起腹膜后出血，引发腹胀、腹肌紧张、压痛、反跳痛等症状。这类患者如果伴有非常严重的椎管狭窄和椎间盘突出，在用力排便时会加剧患者的临床表现，使患者不能排便，导致便秘，进而会引起下腹部的疼痛。还有就是急性阑尾炎、肾炎、肾盂肾炎、泌尿系结石、胰腺炎等外科疾病，都会引起腰痛，早期主要表现为腹部的不适。
在怀孕早期，会出现腰痛和胃痛等症状，主要观察是否有阴道出血，如果没有阴道出血，注意休息一般可以缓解，如果有阴道出血，考虑先兆流产，应该卧床休息，进一步用胎儿保护药物治疗，早孕。避免性行为。
怀孕期间肚子疼痛原因很多种，分为生理性和病理性。生理性的肚子疼痛主要是因为胎儿在母体内渐渐长大，子宫压迫到周围神经所导致的隐隐作痛，属于正常现象。孕妇可以多休息，避免久坐久站，以此缓解症状。如果出现一侧肚子持续性疼痛，则要考虑异位妊娠或者阑尾炎的可能。如果下腹部坠痛伴有下体出血的情况，则可能是先兆流产的症状，孕妇需要及时就医，在医生的建议下进行保胎治疗。