在注射后24小时内，可能会出现一些不良反应，包括局部不良反应（常见疼痛；偶见红、肿、瘙痒）、全身不良反应（常见发热、疲劳乏力、头痛、头晕、恶心；偶见咽喉疼痛、肌肉疼痛、咳嗽、腹痛、关节疼痛、活动异常、口干、食欲不振、腹泻、过敏、胸闷）。以上不良反应以轻度为主，1至2天症状便可缓解。
打甲流感疫苗以后有可能会出现呕吐发烧的情况。局部不良反应：常见疼痛；偶见红、肿、瘙痒。全身不良反应：常见发热、疲劳乏力、头痛、头晕、恶心；偶见咽喉疼痛、肌肉疼痛、咳嗽、腹痛、关节疼痛、活动异常（活动减少/增多）、口干、食欲不振、腹泻、过敏、胸闷。
甲型流感疫苗接种应当具有一定的禁忌症。患有严重的慢性疾病，慢性疾病的急性发作期，或者一些急性疾病，发热的病人都不适合接种。病人患有慢性肝炎，需要进行肝功能化验。平时的时候一定要注意，让孩子不要有受凉的问题。注意让孩子注意多饮水。
乙肝病毒携带者不能打疫苗。
乙肝病毒携带者接种乙肝疫苗是不会有明显效果的。乙肝病毒携带者接种乙肝疫苗不仅没有任何效果，反而有可能引起乙肝病毒的变异。乙肝病毒携带者要定期复查。如果有抗病毒治疗的适应症，可以进行积极的抗乙肝病毒治疗。抗病毒治疗主要有干扰素和核苷类的抗病毒治疗。建议患者需要先咨询医生，避免盲目进行。
拉肚子不能注射疫苗的，应该等身体恢复之后再进行注射疫苗，现在应该测量体温，多喝一些口服补液盐，预防脱水。拉肚子是由于胃肠道炎症，或者是吃东西不宜适应，导致的胃肠道不正常的收缩，肠道痉挛所致，出现腹痛腹泻现象。
如果其他项目都是正常的，那么就不用担心，如果最近就接诊了这种甲型流感疫苗，那么这两个是没有任何的相关性的，乙肝小三阳的人群，肝功能不正常，可以接种疫苗，但是需要药物治疗。
