在注射后24小时内，可能会出现一些不良反应，包括局部不良反应（常见疼痛；偶见红、肿、瘙痒）、全身不良反应（常见发热、疲劳乏力、头痛、头晕、恶心；偶见咽喉疼痛、肌肉疼痛、咳嗽、腹痛、关节疼痛、活动异常、口干、食欲不振、腹泻、过敏、胸闷）。以上不良反应以轻度为主，1至2天症状便可缓解。
甲流疫苗的研发是医学上的一大成就，它让全球范围内的大众能更好规避感染甲型H1N1流感病毒的可能。要知道，人们一旦感染了甲型H1N1流感病毒，会出现发热、咽痛、流涕、鼻塞、咳嗽、咳痰、头痛、全身酸痛、乏力等不良症状，症状严重的甚至可以引发继发性严重肺炎、急性呼吸窘迫综合症、肾功能衰竭等疾病问题。
拉肚子不能注射疫苗的，应该等身体恢复之后再进行注射疫苗，现在应该测量体温，多喝一些口服补液盐，预防脱水。拉肚子是由于胃肠道炎症，或者是吃东西不宜适应，导致的胃肠道不正常的收缩，肠道痉挛所致，出现腹痛腹泻现象。
打甲流感疫苗以后有可能会出现呕吐发烧的情况。局部不良反应：常见疼痛；偶见红、肿、瘙痒。全身不良反应：常见发热、疲劳乏力、头痛、头晕、恶心；偶见咽喉疼痛、肌肉疼痛、咳嗽、腹痛、关节疼痛、活动异常（活动减少/增多）、口干、食欲不振、腹泻、过敏、胸闷。
在孩子感冒的时候是不能接种甲流疫苗的，并且在感冒期间是不能接种任何一种疫苗的。孩子应该积极治疗感冒，正常的感冒病期都是差不多一周，所以家长不要过于担心。可以给孩子口服抗感冒药物治疗，按时吃药注意孩子的情况是不是有好转，同时注意观察体温的变化，一旦温度超过三十八度五，应该给孩子吃该口服退烧药。
甲型流感疫苗接种应当具有一定的禁忌症。患有严重的慢性疾病，慢性疾病的急性发作期，或者一些急性疾病，发热的病人都不适合接种。病人患有慢性肝炎，需要进行肝功能化验。平时的时候一定要注意，让孩子不要有受凉的问题。注意让孩子注意多饮水。