腱鞘囊肿手术时应根据囊肿所在部位设计切口大小、长度及方向。一般情况下，医生都会沿着皮纹的方向，或者是比较隐蔽的地方，将囊肿完全切除。会不会留下疤痕，要看切口的大小和患者的体质，大部分人都会留下疤痕，也有少部分患者会因为疤痕体质而出现疤痕增生。任何侵入性手术都会在患者身上留下疤痕，包括腱鞘囊肿手术。疤痕是无法避免的，但是可以通过手术来保留疤痕，腕关节部位的腱鞘囊肿手术用腕关节镜，踝关节镜手术后只留一只眼。另外，在做完正常的腱鞘囊肿手术后用美容缝合可以减少疤痕的形成。术后可以使用尿素维E乳膏等药膏淡化疤痕。如果是疤痕体质，疤痕比较大，可以做消疤手术。
足背腱鞘囊肿手术后通常会留疤。
如果足背上的腱鞘囊肿比较小，一般不会对局部造成明显影响，通常不会出现疼痛的情况，可以继续观察，暂时无需进行手术。但是，如果足背的腱鞘囊肿比较大，或在短时间内明显增大，通常需要进行手术来治疗，以切除腱鞘囊肿。这种治疗方法通常会留下疤痕，但由于操作方法、具体病情、个人体质等因素存在差异，留下的疤痕的状态并不完全相同。
腱鞘囊肿主要是出现在关节附近的一种囊肿，而且腱鞘囊肿一般的出现可能是由于长期受到磨损导致出现的，如果患者出现腱鞘囊肿一般是通过药物的方法进行局部的治疗，同时还可以通过适当的按摩，从而达到一个缩小腱鞘囊肿的效果，也可以通过中医进行治疗，从而有效恢复自身关节附近的健康，避免腱鞘囊肿的问题加剧，从而导致身体出现疼痛等问题。
在对该病进行诊断时一定要仔细查看其临床特征，如果没有明确病症则不能盲目用药。
肌腱鞘囊肿术后，在工作中要注意用手的动作，术后3-4个星期以后，可以用手指进行活动。
腱鞘囊肿保守疗法无效，建议做外科手术，术后2个多月即可完全康复，术后要注意伤口的清洁和干燥，注意换药，不要接触到水分，以免引起细菌的化脓感染，治疗期间患者要注意保证充足的睡眠时间，养成良好的生活习惯，同时要定期前往医院进行复查，有助于病情的恢复。
通常情况下，患者做完足背腱鞘囊肿手术后，两周左右可以走路。具体情况分析如下：
临床上，患者做完足背腱鞘囊肿手术后，在两周左右，一般如果伤口生长良好，此时就能够适当的活动了，因此患者做完足背腱鞘囊肿手术后，两周左右可以走路。
做完足背腱鞘囊肿手术后的患者平时应注意个人卫生，平常保持好的生活作息，多喝热水，多食用清淡的高蛋白食物，以促进身体的恢复。
如果发生了鞘囊肿，需要看伤口的恢复情况再决定能否上班。
如果术后肌腱的修复状况良好，没有局部疼痛、肿胀、发红等症状，可以正常工作，但不能长时间工作，也不能频繁打字，否则会引起肌腱的疼痛。如果术后的恢复状况不佳，出现反复疼痛、红肿等症状，可以先卧床休息，等病情完全康复后才能继续工作。
腱鞘囊肿术后可以多吃一些含有丰富钙的食物，例如牛奶等，可以帮助身体吸收所需的钙，促进身体的康复。