治疗上要注意及时的对症治疗，同时还需要应用生长激素来促进骨骼的生长。颅脑畸形导致的颅内压增高，需要进行减压分流；椎管狭窄的患者可以选择椎板切除和减压。另外，儿童由于四肢活动不方便，活动减少，从而引起肥胖。可以戴上脊柱支架，避免脊柱的变形。儿童在成人后能适应各种不同的工作，只要患儿能够正常生存下去，其预后也会更好。
一般情况下，一般软骨发育不全的治疗大多是通过滋养软骨，使其得到修复。
对于软骨发育不全的患者，在用药方面除了外敷活血化瘀膏药外，可以适当口服一些消炎药，例如扶他林，并配合一些滋养软骨的保养药物，如硫酸氨基葡萄糖等。需要注意的是，患者平时要尽量卧床休息，不要从事重体力活，养成良好的作息规律，有利于身体康复。
婴儿喉软骨发育不全可能是一种婴儿病，吸气时发生喉鸣，到两岁左右恢复正常。吸气性喉鸣为此病的主要症状。大多数患儿生后无症状，多婴儿在生后7-14天症状显露。重症有呼吸困难的表现，继发呼吸道感染时，呼吸困难加重，可出现青紫。特别应注意防治呼吸道感染及咽喉炎症。因严重的呼吸困难而需气管切开术者极少，大多在两岁左右，症状逐渐消失，对继发于腔外压迫的病例应针对压迫原因进行治疗，以解除呼吸道梗阻。
小儿软骨发育不全主要是会出现有活动不协调，还会出现有骨关节疼痛，影响发育的，导致身材矮小，主要是可以给孩子补钙，可以做下按摩，也可以配合做一些康复锻炼，要多吃高蛋白食物，注意多喝水，多带孩子到户外走走，晒晒太阳。
调整饮食忌辛辣油腻的食物，以低热量高蛋白质的食物动物的肝脏、瘦肉、排骨、蛋类、奶制品、牛羊肉等食物为主然后把瘦肉、动物的肝脏切成肉末熬粥服用（怀山药，白扁豆，茯苓，大枣，山楂，胡萝卜片功效：健脾开胃，适合于食欲不振，抵抗力较差的人），增加食欲。必要的时候直接使用口服液促进钙的吸收。
喉软骨发育不全需要给予足量的钙及维生素D，特别注意防治呼吸道感染及咽喉炎症，吸气时发生喉鸣，到两岁左右就好了，大多数的在生后无症状，多在生后七到十四天症状显露。
