肾脓肿的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗，疗程通常要半年以上，需要配合做引流治疗，治好后，多不会复发。另外平时饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，注意合理睡眠。
白酒，对于多囊肾病人来讲宜戒掉，酒类对与肾脏的刺激性优为重要。避免高蛋白食品：每一种肾病，都应该低蛋白饮食，避免体内氮类代谢物合成，减轻肾脏的排泄力。如大豆、豆腐、以及其他豆类制品。适当的锻炼身体以增强体质。饮食上要少喝酒及刺激性、高脂肪的食物。
肾脓肿多和细菌感染有关的，如果是普通的细菌感染，则属于比较容易治好的，如果是结核分枝杆菌所致的改变，则治疗比较困难的，疗程通常要半年以上的，这种疾病的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗的，多需要配合做引流治疗的，治疗后，多不会复发的。
平时可以多吃些有利尿作用的食品；碱性食物亦多服用，能起到治疗辅助作用。严禁患有肾囊肿的病人食用像酒类饮料、发酵性食品、高蛋白食品、内脏食品、咖啡、巧克力等食物。
肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct的引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。不需要特别处理，动态复查。由于这种疾病是一种良性病变，所以在它很小的时候不需要特别处理，一般来说，在4厘米以下可以动态的复查，每三个月到半年复查一次双肾的彩超或CT就可以了，复查过程中如果没有明显的增大，仍然不需要特别处理。
