卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
巧囊是巧克力囊肿，其实就是由于子宫内膜异位造成的卵巢囊肿。因为囊肿里面，都是一些陈旧性的血液，就和巧克力的颜色差不多，所以就叫巧克力囊肿。如果巧克力囊肿大于5厘米，也容易发生一些并发症，需要手术治疗。
巧囊穿刺时是需要麻醉的，不会有疼痛的，既然有疼痛感，都是可以能忍受的。需要注意休息，避免劳累，保持良好的心情和充足的睡眠，要注意个人卫生，穿刺前是需要禁止性生活的。
一般与内分泌有关，有的随月经周期变化，如果体积不是太大，不需要特别治疗。体积超过五个厘米，以上可以手术切除。平时要注意生活作息规律，不能经常熬夜，避免焦虑急躁，保持内分泌稳定。
一般情况下，卵巢囊肿可以通过临床症状、诊断检查等方式来检查，具体内容如下：
1.临床症状：如果女性体内存在卵巢囊肿，并且其体积较大，女性可能会出现腹部坠胀、疼痛等自觉症状。
2.诊断检查：如果卵巢囊肿较小，女性可能不会出现明显的不适症状。但通过B超检查、MRI等方式仍能够明确女性卵巢内的状况，有助于判断女性是否存在卵巢囊肿。
首先针对卵巢囊肿病人，医生判断病变是良性还是恶性，以及是生理性还是病理性，生理性囊肿，要是下小于5cm的，大部分在2-3cm左右，不需要治疗，只需要随访即可。如果是大于5cm的囊肿，不管是良性还是恶性，都建议进行手术做病理检查进一步明确良恶程度。