一般情况下，小儿功能性消化不良要做一般检查、胃镜检查。
一般检查包括现病史、既往史等询问，全身体格检查，了解患儿以前得过什么病，检查身体状况。胃镜检查主要是用于明确是否存在胃肠道疾病，排除可以解释症状的器质性疾病。功能性消化不良一经确认以后，应该遵医嘱给予对症治疗，缓解病人的症状，提高病人的生活质量。
一般情况下，功能性消化不良指的是出现上腹痛、腹胀、嗳气、食欲不振、早饱、恶心、呕吐等症状。如果患有功能性消化不良，患者可以口服复方消化酶、乳酶生、复方阿嗪米特、保和丸、枳术丸等辅助消化的药物进行治疗，有较好的治疗效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。患者平时还应注意饮食习惯，避免吃过于辛辣生冷的食物，因保持清淡饮食。
一般情况下，在消化科，功能性消化障碍是一种很普遍的病症，约有50%左右的患者会出现在医院。患者会出现各种症状，有人会出现腹部肿胀，也有人会出现打嗝、嗳气等症状，也有人会出现上腹部疼痛等症状。有些病人，会感觉到肚子里的不适，却又说不上来。功能性的消化障碍一般都是以上腹部胀满、饱胀感、早饱感为主，也就是说，只要稍微进食一下，肚子就会被撑的感觉。还有嗳气，也会有恶心、呕吐等症状，这些都是因为各种原因引起的，建议患者及时去医院就诊，查明病因后对症治疗。
一般情况下，严重功能性消化不良，可以通过心情疏导和调节气机来治疗。具体分析如下：
平时多听音乐，多参加一些室外运动，避免紧张焦虑、烦闷抑郁的心情，有助于改善消化不良的症状。还可以通过口服莫沙必利、莫沙必利等在医师的建议下进行缓解。此外，精神萎靡、消化不良等精神障碍的人，还可以口服三环类的抗抑郁药物，用于精神状态比较突出的功能性消化不良。
功能性消化不良可采取中成药治疗，一般可以吃大山楂丸、大山楂丸、木香顺气丸等药物。
常用中成药如木香顺气丸、木香顺气丸等理气宽中、消食导滞，对功能性消化不良有良好疗效；此外还可促进胃肠蠕动、改善消化不良症状；枳实导滞丸、枳实导滞丸能理气消积、消食除胀；或还可选用大山楂丸、大山楂丸等消食化积、改善消化不良等。
通常情况下，功能性消化不良可能是胃肠动力障碍、内脏感觉过敏、胃底对食物的容受性舒张功能下降等原因引起的，一般会出现餐后饱胀感、早饱、中上腹痛、胃痛等症状，患者可以按照医嘱使用多潘立酮片、四方胃片、枸橼酸莫沙必利胶囊等药物进行治疗。患者配合治疗的同时，还应注意休养，避免劳累，注意保暖，多喝热水，多食用清淡的高蛋白食物，比如鸡蛋、牛奶、鸡肉等，促进身体恢复的同时，还能提高免疫力。