子宫肌瘤是良性的肿块，一般小的肌瘤无需治疗，大于５cm子宫肌瘤是可以采取手术治疗，巧克力囊肿是子宫内膜异位症导致，可能出现疼痛，破裂的可能，需要到医院手术治疗。不要吸烟酗酒，月经时期不要吃冰冷的食物．注意少吃含有激素类的食物。
子宫肌瘤和卵巢巧克力囊肿的医治比较好的方法是通过药物医治，平时要饮食宜清淡，不能吃羊肉、虾蟹等发物，忌食辣椒、生葱生蒜等刺激性食物及饮料多吃蔬菜水果，平时多注意卫生。
通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
子宫腺肌病和子宫肌瘤病变所在部位都是子宫肌层，但是形成病变的组织是完全不同的，子宫腺肌病是子宫内膜腺体及间质侵入子宫肌层形成的病变，而子宫肌瘤主要是由子宫平滑肌细胞增生。
除了手术和药物治疗外，还可以用艾灸，而且各种囊肿用艾灸都是适合的，主要是艾灸可以阻止囊肿的再生。因为用艾灸可以改善血瘀的体质，用艾灸可以改变虚寒的体质，体质改变了，囊肿便没有了再生存环境。
巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症的表现形式，目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。