高位单纯肛瘘手术后是不会痛的，因为手术修补后，大便时没有粪便从内口进入瘘管。一般高位肛瘘是无疼痛感的，仅觉肛门口坠胀不适，只要当脓液引流通畅后肿痛马上减轻。有时可因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便时疼痛加剧。
考虑药物起不到消除肛瘘内口的目的，只能保守观察，或者简单的外科治疗，或者干脆手术治疗，效果比较好，平时还要注意饮食上尽量清淡为主，少吃辛辣食物，酒等刺激性食物。
肛瘘换药一般都会有一些疼痛，肛瘘手术包括肛瘘切除术、肛瘘切开引流术及肛瘘挂线术几种。肛瘘手术后换药可能出现不同程度疼痛，病情比较简单的肛瘘手术，伤口创面相对比较小，疼痛症状也轻，可以耐受。病情比较严重的肛瘘，可能有多个伤口和创面，换药时疼痛相对明显一些。
由于肛瘘属于肛门处的手术，不是无菌手术，所以一般肛瘘手术的创面还是较大且较深的，特别是高位肛瘘，由于牵扯到括约肌，为了防止术中损伤括约肌导致大便失禁，所以还需要挂线治疗。所以创面的恢复还是减慢的，12天的时间还不能完全愈合，建议在恢复期间要注意饮食，不要吃辛辣刺激的食物，多吃蔬菜水果，多喝水，防止大便干燥而刺激创面。可以每天进行适当的温水坐浴。
肛瘘手术治疗后可能会有一些疼痛。如果这块比较剧烈，可以使用止痛药物的。生活中注意调养。按时作息，保证睡眠。多喝温开水，多吃新鲜的水果和蔬菜，吃含粗纤维多的食物，保持大便通畅。