一般来说，支气管镜检并不会引起肺部疼痛，少数患者表现为肺部疼痛，可能的原因是支气管检查时引起了气道损伤，从而让他们感觉肺部疼痛。这种情况下患者可以吃些营养神经的药物，观察自己是否出现了咳嗽，咳痰等异常症状，没有炎症的前提下，这种不舒服的感觉持续一段时间之后会逐渐消失，并不会给患者带来其他方面的疾病。
支气管镜检查后应严格卧床休息，避免剧烈活动；为防止吸入或咳嗽等麻醉并发症，应在两小时内避免进食，也不要不要喝水；尽量不要进行重的体力活动，特别是用力咳嗽，如果用力咳嗽或者做体力活动以后，会引起咯血。此外，支气管镜检查一般需要侧位。少数患者术后会出现咯血，拉咯血量大，会进入正常支气管，有窒息的危险，因此，术后需采取侧卧位。由于喉咙有麻药的作用,咽喉部会有不适觉，建议不要用力的咳嗽。出现发烧需要与肺部感染鉴别。
检查术后注意休息，要严格卧床休息，免剧烈活动，支气管镜检查以后，防止麻药并发症，包括出现误吸或呛咳等症状，应两小时内禁止进食，要求采取患侧卧位。少数在术后会出现咯血，如果咯血量多，会进入正常支气管，出现窒息风险，所以术后要求取患侧卧位。
支气管镜检查后会咯血，若量较少，多数属于正常现象。主要由于在进行支气管镜检查过程中，会引起鼻腔、支气管黏膜损伤，出现少量咯血。再者，在此项检查过程中，若有异物存在，活检时也会出现支气管咯血。需要注意的是，若咯血量在可控范围内，不用特殊处理；但是若咯血量较大时，则要引起高度重视，要及时查找原因进行处理，避免出现窒息，危及患者生命。
纤维支气管镜检查一般人耐受没问题的，也可以做无痛的，无痛纤支镜指的是在一种麻醉药的作用下完成整个检查过程，醒来后有咽喉部的不适。有些人反应相当小，基本没有咳嗽，很快就做完了。
支气管镜检查风险比较大，支气管镜是属于侵入性的一种操作的，检查过程中可能会有引起窒息，局部的出血，黏膜损伤的可能性，局部会使用麻醉药物，一般不适症状不会很明显的。