大多数婴儿结膜炎是由细菌、病毒或衣原体感染等病菌引起的。细菌感染结膜炎可用妥布霉素眼药水、泰利必妥眼药水。干扰素、阿昔洛韦。更昔洛韦等药物，可用于病毒感染引起的结膜炎。红霉素眼药水可用于衣原体感染引起的结膜炎。另外，如果是过敏性结膜炎，可以选择糖皮质激素类的眼药水，如色甘酸钠滴眼液、帕坦洛滴眼液等。具体用什么眼药水，建议带婴儿去医院做眼科检查，在医生指导下使用药物。
一般情况下，妊娠妇女都会使用一些抗菌药物来治疗疾病，如青霉素类、头孢菌素等。
抗生素对细菌性结膜炎有优良的疗效，对病毒性结膜炎的治疗虽然无效，但还有防止细菌感染。在怀孕期间，由于胎儿的不断发育，身体抵抗力会越来越弱，很容易受到病菌和病毒的侵害而引起炎症，导致眼部发炎或视力下降等症状。因此，孕妇患结膜炎的话，眼药水和眼药膏都要专人专用。另外，在用药时要注意避免使用刺激性药物和激素类眼药品种，因为激素有刺激眼部黏膜和结膜细胞生长等不良反应。
孕妇若患有结膜炎，切不可盲目用药，必须尽快到医院在医师指导下使用药物。
一般情况之下，孕妇患的结膜炎都是属于急性炎症型，并且这种病症具有较高的发病率。尽管结膜炎并不严重，但若一味用药，常可使本病迁延不愈或反复发作。因此对于妊娠期间的女性来说，一定要特别小心避免患上这种眼病。平时要培养用眼良好习惯，用眼卫生，必须有足够睡眠，同时，饮食上也必须合理。另外还应该注意避免一些容易引起过敏或感染的药物，比如抗生素类、激素等。
幼儿结膜炎用什么眼药水需要根据具体情况来确定：
对于儿童的结膜炎，应该做一些眼科的检查，确定是否是炎症性结膜炎或者是过敏性结膜炎。其次要找出病因，细菌感染、病毒感染、衣原体感染等都是炎症性结膜炎，可以使用更昔洛韦或者是阿昔洛韦治疗病毒感染。利福平眼药水和红霉素眼膏是治疗沙眼衣原体的有效方法。避免过敏性结膜炎，避免接触过敏性结膜炎，使用奥洛他定等药物。
通常情况下，儿童慢性结膜炎用抗生素滴眼液比较好。
儿童慢性结膜炎比较常见，可能是不注意眼部卫生、用眼不良等因素引起的，家长可以在医生的知道下给儿童使用妥布霉素滴眼液、氧氟沙星滴眼液等眼药水比较好，具有抗菌、消炎的作用，能够有效缓解症状。此外还可以用红霉素眼药膏，通常也能缓解儿童慢性结膜炎的症状，通常副作用比较小。
儿童过敏性结膜炎可以用色甘酸钠眼药水、左卡巴斯汀眼药水进行治疗。儿童过敏性结膜炎的主要症状是眼睛发痒、发红，遇到特殊情况时会出现更严重的反应，此时可以选择色甘钠眼药水或左卡巴斯汀眼药水等，如果有需要，可以选择含有少量的荷尔蒙的眼药水。平时尽量避免接触到过敏源，如果孩子对花粉有敏感反应，最好避免到高花粉量的地方。