一般情况下，宝宝半夜和早上醒来才咳可能是以下原因导致的：
在深睡的时候，宝宝的大脑皮质会进入充分的休息和深度的压制，从而控制咳嗽的中枢，进而可以有效地控制在深睡觉的时候不会咳嗽，在浅睡的时候，由于大脑皮质的一部份工作，导致咳嗽的作用会降低，从而导致半夜和早上醒来才咳。因此，宝宝半夜和早上醒来才咳，这是因为宝宝的咳嗽反应没有被压制。
经常半夜起来是一种睡眠质量不好的症状，原因有很多：
1、神经衰弱，肝火旺盛，容易引起清晨起床；
2、工作或生活中的压力太大，人一有烦恼就会失眠，就算睡觉也会在半夜突然惊醒；
3、作息时间不固定，平时作息颠倒，白天睡觉过多，到了晚上就会熬夜。晚上睡觉前最好不要做太多的运动，可以听一些舒缓的音乐，调节自己的情绪，让自己更容易入睡。
宝宝半夜醒来睡不着，可能是饥饿、有便意、缺乏维生素等原因引起的。
宝宝半夜饿了火之石想要大小便，都可能会导致宝宝半夜醒来睡不着。如果宝宝平时营养摄入不足，可能会导致宝宝维生素D缺乏，容易导致宝宝夜间出汗、枕秃，进而会出现宝宝半夜醒来睡不着的情况。
平时天气好的时候，家长要尽量的带宝宝出去晒太阳，通过紫外线的照射，增加维生素D的合成与吸收。维生素D可以促进钙的吸收，这样要对宝宝的生长发育是有利的。
一般情况下，宝宝每天早上醒来咳嗽如果宝宝没有出现发烧症状，首先要做好血常规、支原体等相关的诊断。如果不发烧，不咳嗽，应该是因为唾液呛到了，一般只有早上流了很多扣税的时候才会有。如果宝宝经常出现咳嗽，还会出现痰、气喘等症状，这种情况多是因为湿疹或有家族过敏史，所以一般使用孟鲁司特进行喷雾疗法是有效果的。如果出现喘气症状，可以通过过敏原检测和肺功能检查来进一步确诊。
晚上咳嗽主要是因为支原体的感染，或是气道的敏感度升高，还可能是儿童患有上呼吸道组织综合征等耳鼻咽喉方面的疾病，这些因素都可能会导致孩子在半夜出现干咳，要根据病因进行相应的治疗。如果是支原体感染，则需要进行抗支原体的治疗。
如果是晚上咳嗽很严重，而且持续很久，首先要考虑是否有过敏性的原因，以及咳嗽变异性的哮喘，要综合考虑，如果是咳嗽变异性哮喘，或是过敏性咳嗽。可以服用抗过敏的药物，减少呼吸道的敏感度，也可以用气泵吸入的方法来减少呼吸道的敏感度，如果是过敏的，可以进行抗过敏的治疗。
总是半夜醒来可能是肝有问题。
通常在凌晨三点钟左右，就会被惊醒，可能是肝经发热，肝有发热，是平时食用油炸、油腻食物，或是性情急躁之人，一旦动怒，体内的火气就会进入肝脏，肝脏的功能就是疏通，肝气被堵塞，就会出现胸闷和腹部疼痛，从而使体内的火气无法排出，从而出现情绪低落的情况。如果是这样的话，那就给患者一个很简单的办法，那就是敲击肝脏，从肝脏开始，然后是从肝脏开始，然后是双手，一天两次，一次五到十分钟，最好的办法就是在十二点到三点钟之间。第二种方法，就是在晚上睡觉的时候，从膝关节开始，一直到脚腕，用手指在上面按一百次，然后在太冲穴上按三分钟，一天之内就会有明显的反应。