一般情况下，新生儿黄疸的发病原因可能是婴儿体内的胆红素代谢紊乱，导致血液中的胆红素含量增高，从而导致皮肤、粘膜和巩膜黄染。新生儿的黄疸可区分为生理学和病理性。
1、生理性的黄疸：是由初生婴儿的血液中的胆红素升高所致。主要表现为：红细胞代谢快、数量多、肝功能差、产后喂养延迟、胎粪排得慢、肠内循环增多等；
2、病理性的黄疸：病理性的原因主要是因为缺氧、感染等，以及先天的发展问题。
胎儿的氧分压比较低，红细胞数量代偿性的增多，出生以后氧分压恢复正常，大量的红细胞破坏超过了肝脏的代谢能力会出现胆红素的生成过多。肝脏合成蛋白的能力是比较差的，特别是y、z蛋白的合成量比较少，并且活性是不足的，就会导致体内的胆红素代谢困难，就会导致出现黄疸的现象。
首先，生理性黄疸与新生儿出生后的胆红素代谢特征有关。新生儿出生后，红细胞的破坏程度会增加，胆红素的产生也会增加，这个年龄段的儿童由于肝脏吸收转化胆红素的能力较弱，胆红素排泄能力较差，肠肝循环也会增多，这些都会引起生理性黄疸。
由于缺氧、感染、红细胞膜缺陷、红细胞形态、酶缺陷、溶血性疾病、ABO血型不合等因素造成的病理性黄疸。还有新生儿肝炎、胆管阻塞、先天性代谢性疾病、吉尔伯特综合症等。
新生儿胆红素偏高主要是因为胆红素的产生，因为红细胞的数量会增加，所以胎儿的血氧分压会降低，从而导致胎儿体内的红细胞出现代偿现象，新生儿的血压分压增高。
第二因为孩子还很年轻，肝脏还没有完全发育，肝脏对胆红素的消化能力很弱，肝脏里的蛋白质含量也很低。
第三种是胆红素会促进肝脏的循环，而新生儿的肠蠕动会变慢，肠道菌群还没有完全建立起来，肠腔内的葡萄糖醛酸苷酶的活性也会升高，这会导致结合胆红素转变为非结合胆红素，从而促进肝脏的循环。
通常来说，正常新生儿黄疸一般在出生后2天左右开始出现，一般在3-5天内出现生理性高峰值，最高不超过12mg/dl，每天黄疸升高值不超过5mg/dl，足月儿黄疸2周内消退，早产儿4周内消退。如果黄疸超过正常范围，或者消退延迟，消退后重复出现均属于异常，主要是病毒感染、进奶晚、开奶延迟、母乳性腹泻等原因导致的。
一般情况下，新生儿黄疸高，可能是生理性黄疸引起的。
新生儿在母体氧气少容易出现自我保护，当胎儿出生后氧气较为充足，会造成胆红素生成过多，此时需要一定的适应环境，所以才会出现黄疸的情况，基本上是不会对新生儿造成伤害。
此外，新生儿黄疸高也可能是母亲与胎儿的血型不一致原因造成的，同时也会有加重的的现象，需要及时进行处理。
