一般情况下，先天性心脏病有遗传倾向，先天性心脏病患病率为0.6%～1%。
先心病的发生与染色体的数量增多、缺失以及染色体的畸形均相关，而且与基因的变异有关。所以先天性心脏病一般来讲有遗传倾向，如肥厚型心肌病、马方综合征、Brugada综合征、长QT综合征等。建议怀孕期间要定期进行产前检查，明确胎儿的情况。
先天性心脏病有明显的遗传倾向，不少单基因或多基因遗传性疾病伴有心血管畸形。
患先天性心脏病的原因很多，通常是由孕妇在怀孕初期患有病毒感染性疾病、宫内缺氧、服用至畸药物、孕妇患有糖尿病、红斑狼疮、酗酒、接受射线照射等原因导致的。而遗传因素只有8%左右。尽管先天性心脏病患者中，基因的影响较小，但其后代的发病率要高于正常人群。
先天性心脏并不是一种遗传的疾病，父亲有先天性心脏病不一定会遗传下一代。
通常情况下，先天性心脏遗传后代的可能性很，若家中有多人存在先天性心脏疾病，进行产前诊断即可，因为先心病的父母其子女再次发生先心病的概率为稍微比正常人高。所以妊娠初期是一个重要的阶段，也是神经系统和内脏的发育，不要受辐照，还应该根据孕周进行排畸检查。
先天性心脏病有明显的遗传倾向，因为染色体的异常可能在胚胎发育过程中，尤其是重要器官形成阶段，会引起先天性心脏病的出现。而遗传因素仅约占8％。虽然遗传因素在先心病中占比不大，但下一代的患病几率会比正常人高。
可能会，先天性心脏病如果它基因有关联，它是可以有遗传的，有一些心脏病它是不会遗传的。先天性心脏病是在它胚胎的发育过程中间，发育复制的时候出现了异常，但不是每一次传递下去都会出现这种异常。
有一些先天性心脏病跟遗传有关系，比如有一些综合征，比如马凡氏综合征或者21三体综合征，往往会合并有先天性心脏病，这是基因和染色体的遗传问题导致的，所以与遗传也有关系。