心尖肥厚型心肌病后期患者有可能出现心功能不全、房颤、猝死等问题，因此，在治疗中要重点关注心功能，如强心利尿剂、地高辛、螺内酯、呋塞米等。
在提高心脏功能的同时，还需使用倍他乐克，以降低心肌梗死等并发症，并使用华法林抗凝，以防止血栓的形成。心尖肥厚型心肌病后期心功能不好，使用强心利尿药物等药物治疗，效果不理想，可以进行心脏移植等手术。
心尖肥厚型心肌病晚期也应积极进行相关检查和治疗，积极治疗原发性疾病。
高血压病引起心尖肥厚型心肌病，应积极降压，继饮酒之后心尖肥厚型心肌病，应远离烟酒。一般晚期这类疾病，需要严密观察患者病情，确认是否存在心力衰竭，根据病情进行强心治疗。另外，也可以服用硝酸酯类药物，以扩张血管或给予利尿剂进行治疗，这些药物应该在医生的指导下使用。