一般来说，胃镜的检查痛苦相对较重，具体分析如下：
随着医疗技术的发展，现在胃镜和肠镜的检查均可进行无痛操作，也就是在麻醉的状态下对患者进行检查。患者并不会出现明显的不适感。也就不存在肠镜和胃镜哪个更难受的情况。但是如果采用常规的肠镜和胃镜检查，因为没有麻醉和检查方式不同的原因，胃镜的检查痛苦相对较重。
肠镜跟胃镜相比难受的状况还是要看个人的耐受程度，一般肠镜前期准备工作难受点，一开始就要喝泻药然后不停的拉肚子，直接拉水状为止。检查过程中管子由肛门进入检查。而胃镜的前期准备无痛苦，但是检查时管子由口里进入，主要是恶心的难受而不是痛。
做肠镜检查时管子是从病人的肛门部位伸进去的，在伸入时，出了羞耻以外，病人还会产生明显的便意，会想排便，肚子胀得难受。在管子进入拐弯的点时，还会感觉到肚子痛。做胃镜检查时管子是从病人的嘴里插入的，病人会觉得恶心，想吐，窒息，喘不上气。在做胃镜检查的过程中，病人常常忍不住的流泪，流鼻涕，流口水。
相比胃镜，肠镜检查更加痛苦。一方面由于肠道走形更加多变，长度更长，因此检查所需的时间较胃镜更长，有可能需要半小时，而胃镜仅需要5-10分钟。另一方面在肠镜检查的过程中，还需要不断的注入空气或生理盐水，因此可能会持续出现腹痛、腹胀的情况。
做电子胃镜比电子喉镜更痛苦些。电子胃镜是由口内下到胃里，再上拖，非常痛苦。如果是咽喉的炎症，做喉镜就行了。如果检查食管和胃的疾病，可以做胃镜。
检查喉镜时间更长，检查时间喉镜要比胃镜短的多，价格也少的多。虽然现在很多医院已经开展无痛胃镜检查，但麻药过后还是有点难受。
建议患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
一般情况下，做胃镜会比较痛苦一些，具体内容如下：
如果患者需要明确消化道的状况，可以选择进行胃镜、肠镜等检查，从而对消化道直接进行观察。其中，由于胃镜是经咽喉进入患者体内的，其不适程度可能会较高。因此，做胃镜会比较痛苦一些。如果患者需要做胃镜，咽喉可能会受到刺激，出现恶心、呕吐等不适症状。在做肠镜时，导管通过肛门直肠进入患者体内，患者可能会有牵拉痛，但这种疼痛症状通常是可以忍受的。