通常情况下，衣原体和支原体的病原体可以被杀死。具体方法如下：
1、支原体、衣原体病原对温度较敏感，可以通过消毒、加热等方法将其杀死。
2、患者一定要遵医嘱服用足够数量的用药，以及足够的疗程。因为药物对杀死衣原体和支原体的病原体也有一定的作用。
大环内酯类药物、氟喹诺酮类药物等可用于杀死衣原体和支原体。
1.大环内酯类药物：支原体感染会导致肺炎、支气管炎、泌尿生殖系统感染等，可以口服阿奇霉素、红霉素、罗红霉素等，阿奇霉素的治疗效果最好。阿奇霉素具有抗菌、消炎、上呼吸道感染的作用，是治疗支原体感染的首选药物。
2.氟喹诺酮类药物：可以口服氧氟沙星、左氧氟沙星等，也有一些人会出现头痛、失眠、局部红疹等不良反应。
患者需要遵医嘱用药，不可擅自用药。
通常情况下，需要给予罗红霉素、阿奇霉素、四环素等大环内酯类的药物，在1-2个星期后即可完全清除。
如果是轻微的炎症，可以服用罗红霉素，服用3-5天。如果是中、重型的，通常要7~10天，严重的患者通常要在医师的指导下进行药物注射，不能依赖药物。
阿奇霉素大多约1周~2周就能杀灭支原体。
阿奇霉素是大环内酯类消炎药，对支原体感染、衣原体感染的作用，疗程多为10~14天左右。若临床症状相对较轻微，大约一星期内恢复正常，如临床症状较严重，很可能要两个星期，甚至更久。该药对革兰氏阴性菌和阳性菌均有效，尤其是耐药率低，安全性高，治疗期间还应根据病人临床症状配合使用。
支原体、衣原体等是轻度或中度的，自身的免疫功能是可以自行恢复的。支原体、衣原体感染、自身免疫力低下等情况，是很难治愈的。
对于支原体、衣原体的治疗，可以选择红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等三种药物。近年来，对支原体的抗药性越来越强。抗药性高达75%，使用红霉素类的药物也不一定有效。如果治疗无效，可以选择环丙沙星、左氧氟沙星等喹诺酮类药物。另外，四环素、多西环素、米诺环素等都是四环素。
支原体衣原体感染的严重程度，取决于它所引起的何种结果。
第一，造成不适，如支原体，衣原体尿道感染等，会引起尿痛或者尿道刺痛。支原体衣原体感染前列腺，就是前列腺炎，会导致尿频，尿急等不舒服。支原体衣原体感染精囊或生殖系统，会造成受孕困难。
因此支原体衣原体的感染严没有严重，需要对病症进行鉴别。