生殖器部位长有一些小水泡，有可能是炎症和生殖器疱疹，这两种病都有类似的症状，到医院进行检查治疗，以免对身体造成不利影响。平时要多注意自己的个人卫生，不要用手去挠，勤换洗贴身的衣物，清淡的饮食。
可能是龟头炎或者生殖器疱疹引起的，生殖器部位如果出现了水泡明显增多，或者是出现有脓水流出的现象，需要到正规的医院检查病情，一般选择使用B超检查，或者分泌物检查的方法进行疾病的判断，根据病因进行合理的治疗。
一般来讲，生殖器上有小水泡，主要是由于生殖器疱疹病毒引起的，这种病毒会通过性接触传染，感染后会在阴茎、阴囊、冠状沟、外阴、腹股沟、肛门等处长出透明的小水泡，水泡内液体清澈，但伴有明显的瘙痒和刺痛，可以使用阿昔洛韦、更昔洛韦等药物进行抗病毒治疗，局部使用干扰素软膏进行抗病毒治疗，一般情况下10天左右就会好转。
一般情况下，生殖器长水泡可能是单纯疱疹病毒感染、局部受刺激、细菌感染等原因导致的。具体内容如下
1.单纯疱疹病毒感染：生殖器长水泡可能是由单纯疱疹病毒引起的，在阴茎上会有小水疱，并且由于皮肤比较薄，很容易破裂，在破溃后就会产生一定的溃烂，建议患者及时就医。
2.局部受刺激：如果患者的内裤材质不佳，身体局部受到了太多的磨擦刺激，可能会导致生殖器长水泡，建议患者及时更换舒服的内裤。
考虑是龟头炎和生殖器疱疹引起的，生殖器疱疹主要表现为生殖器出现水泡样疱疹，并伴有瘙痒疼痛等这种情况你应该到医院做相关检查，根据不同的情况采取不同的治疗方案。
通常情况下，生殖器上有水泡，主要是因为生殖器疱疹，也有可能是因为带状疱疹侵犯了生殖器，或是水痘等病毒。但最常见的还是单纯疱疹病毒感染的生殖器疱疹，一般都是通过性接触传染的，局部的症状是成群性的水疱，并伴有轻微的瘙痒、灼痛。
如果患者是第一次感染，一般时间比较长，患者需要两个星期左右，然后病毒会潜伏在局部的神经节中，一旦身体的免疫力降低，单纯疱疹病毒就会再次激活，从而引起疱疹的复发。因此一般生殖器部位的疱疹是一种性病，很容易复发，而且很难治愈。