目前治疗扁平疣最有效的治疗方法是采取冷冻切除治疗。引起疾病的病因主要是由于没有注意清洁卫生造成的一个病毒感染。所以需要注意局部皮肤的清洁，不要去搔抓局部的皮肤。
一般情况下，扁平疣在医生指导下抹米奎莫特软膏、鬼臼毒素软膏等药膏有效，具体内容如下：
扁平疣是由乳头瘤病毒感染造成的，具有很强的传染性和复发性，现在没有专门的药膏来治愈这种疾病，通常可以在医生指导下使用干扰素凝胶、米奎莫特软膏、鬼臼毒素软膏等进行治疗，也许较为有效，但也不能起到彻底根除的作用。还可以在医生指导下通过服用转移因子口服液、胸腺肽肠溶胶囊等提高免疫力的药物辅助治疗。
一般情况下，扁平疣打干扰素有一定的效果，具体分析如下：
扁平疣是一种人的乳头瘤病毒，主要是由人体的免疫功能降低引起的，扁平疣会大范围的在脸部皮肤上，通过服用干扰素可以提高机体的免疫力，帮助排除体内的病菌。如果是扁平疣，打干扰素有一定的效果，患者还可以在医师的建议下服用新鲜的芝麻花大衣，或者是使用板蓝根颗粒、阿昔洛韦软膏进行改善。
一般情况下，阿昔洛韦软膏治扁平疣没有效果。
通常阿昔洛韦软膏对扁平疣无效，阿昔洛韦软膏的主要成份是阿昔洛韦，又称无环鸟甙，具有抑制疱疹病毒的作用，其作用就是对单纯疱疹、带状疱疹等病毒性的病症具有一定的疗效。不过，扁平疣并非由单纯的疱疹病毒所致，它是由人类乳头肿瘤病毒所致，所以阿昔洛韦软膏治扁平疣没有效果。
无花果根汁，治疗扁平疣真的有效。扁平疣是由人乳头状瘤病毒感染引起的，好发于青少年的病毒性皮肤病。表现为皮色或粉红色的扁平丘疹，多见于面部和手背，无明显的自觉症状，病程缓慢。无花果治疗是否有效还不确定。因为无花果汁液具有一定腐蚀性，但对皮肤的伤害并不大，只是有可能引起过敏，其治疗扁平疣就是利用的腐蚀性这一特性。
出现扁平疣是人类乳头瘤病毒感染引起，可以根据情况采取冷冻的方法治疗，另外可以根据病情使用抗病毒药物治疗。可以到正规医院皮肤科就诊检查，在医院指导下进行治疗。注意皮肤卫生，避免挤压摩擦，不要挠抓，防止出现增大增多。不必抽血治疗。