其实生殖器疱疹对于男性和女性，并没有什么治疗方式上的不同。对于初发的人，一般首先选择的就是抗病毒类药物，可以口服或者是外用抗病毒的药物来处理治疗，但是建议早发现早点去治疗，要不然可以反复发作的。
男性生殖器疱疹治疗主要是针对如何的有效去除病毒，目前临床上最先进的疱疹的方法是艾拉光基因免疫种植疗法，病人配合，不进行不洁的性行为、饮食、休息，生殖器疱疹是一种复发率高、传染性强、临床难治好的性传播疾病，多发生于性关系混乱的男女，如果不及时治疗会影响到以后的生育。
轻微生殖器疱疹可以使用抗病毒药物治疗，在治疗生殖器疱疹的时候，可以使用抗病毒药物来进行治疗，效果是比较好的。抗病毒药物一直以来都是生殖器疱疹患者较好的治疗方法。
应注意合理的清热解毒，可以用外洗的方法，内服中药的方法就是通过常规的抗病毒的中药，可以是白芍，或者是选择清热解毒类的药物，还有就是补脾胃，益肺气的药物散外用。
生殖器疱疹是由于，二型疱疹病毒感染引起的性传播疾病。要想要以抗病毒为主。可以口服抗病毒的药物。同时，日常生活中一定要注意，饮食清淡，作息规律。提高自身的免疫力，可以减少复发。
生殖器疱疹是由单纯性Ⅱ型疱疹病毒导致，这种病毒相当顽固，必须把以内的毒素彻底杀死即可治疗，采用可使体内产生大量的内源性传统中药配合治疗，可以阻断疱疹病毒DNA的复制，就像给人结扎一样，使其不能产生新的病毒，从而快速清除疱疹病毒，达到快速治疗生殖器疱疹的目的。另外配合可增强人体的免疫功能，强烈抗病毒的传统中药，对生殖器疱疹的治疗既彻底又快速。