对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，以缓解膀胱刺激症状，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。穿刺疗法，可以采取B超引导下肾囊肿穿刺的方法，穿刺将囊肿的液体完全抽出，然后注于药物，从而使囊壁不再分泌一些液体。
切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，观察肾功能恢复情况若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术；囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，观察肾功能恢复情况若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。肾囊肿的介入治疗，是在超声引导下，用细针经腹壁直接穿刺到病变组织内，注入药液使病变组织在原位灭活、萎缩、纤维化的治疗方法。
切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术；抗生素治疗，对于肺脓肿要做到早期，有效和彻底地给予抗生素类的药物的治疗。
手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展；基因活肾逆转法，首先根据病情运用稀有植物草菌与精选中药配伍，运用现代中医科学通过肠道吸收进入肾脏组织细胞，诱导肾基因，修复缺损的基因，促进修复肾功能。
大约要花1万元-3万元左右。患者病情决定治疗费用：患者早期治疗，病情不是很严重，治疗效果相对就好。但是随着病情的发展，逐渐恶化，患者病情就开始变得严重，相应的治疗费用也在逐渐增加。