注射黄体酮，短期内会出现偶尔的恶心，呕吐，头痛等。如果长期饮用可能会引起胃肠道症状，同时可引起过敏，痤疮或者是月经紊乱。如果不是由于黄体功能不足的情况下，一般都催不来月经。
需要针头进入2.5厘米左右，黄体酮注射液是油性制剂，需要肌肉注射，打完局部有包块是注射过浅引起的，注射24小时后，可进行局部热敷促进吸收，者土豆片进行局部敷就可以了。
怀孕吃黄体酮不良反应为体重增加，引起恶心，呕吐，头晕，头痛等症状。
妊娠后服用孕酮可以起到补充孕酮的作用，预防人流的发生，服用孕酮可以起到保胎作用，服用维生素e可以减少副作用。在用药过程中要尽量不要做剧烈的运动，不要同房，这样可以降低人流的风险。平时要多食用一些深绿、富含叶酸的蔬菜，比如菠菜、莴笋等，平时要多吃一些营养丰富的食物。
该药的副作用包括以下几方面，首先长期注射黄体酮可能会引起胎儿畸形，例如造成女性胎儿男性化或者增加脊柱裂的风险，其次打黄体酮可能会造成水钠潴留，引起孕妇体重增加，组织水肿。然后打黄体酮可能会引起患者头晕以及恶心呕吐，主要是由于黄体酮有舒张颅脑血管以及刺激胃肠道的作用。
副作用有突破性出血，阴道点状出血，体重增加或减少，乳房肿胀，恶心，头晕，头痛，倦怠感，发热，失眠，过敏伴或不伴瘙痒的皮疹，黑斑病，黄褐斑，阻塞性黄疸，肝功能异常等。发胖是比较少见的副作用，短期服用黄体酮是不会发胖的。
怀孕期间血清检查如果孕酮偏低的话需要补充黄体酮积极保胎治疗，黄体酮其实就是孕酮这种激素，使用黄体酮没有副作用，保胎期间，还需要尽可能卧床休息，保持心情舒畅。食作息规律，暂时避免性生活。