孕初期肚子隐隐作痛有褐色分泌物，一般都是因为先兆流产，所以要进行B超，同时还要进行血HCG和黄体酮的检测，最后确定要不要进行安胎。必要时需要在医生指导下使用黄体酮胶囊、保胎无忧片等药物进行治疗。
此外，如果胎儿的基因丢失可能会出现胎儿停止生长的现象，需要进行清宫手术，以免出现凝血功能障碍。
在孕初期，孕妇应该注意休息，不要提拿重物。
在怀孕初期出现肚子隐隐作痛、褐色分泌物，要考虑先兆流产征兆，多是由于孕激素偏低或胚胎本身生长发育不良引起，也有可能是受精卵在宫腔外着床导致的宫外孕表现，因为宫外环境不佳，所以可能出现孕囊局部的出血。
一般来说，怀孕初期肚子隐隐作痛可能是胎儿生长、激素变化、先兆流产等导致的。
在怀孕的早期会有小肚子的疼痛。可能是因为在胎儿发育期间，子宫逐渐增大，从而造成了子宫韧带的拉扯。也可能是因为激素水平的变化，导致怀孕期间肚子疼痛、不舒服，不过不会影响到日常的生活，只要休息一段时间就能恢复。此外，腹痛持续下坠、阴道出血，也有可能是先兆流产。
孕早期肚子隐隐作痛、有褐色分泌物可能是多种原因导致的，具体分析如下：
出现这种情况要及时到医院进行产前超声检查。这是先兆流产的典型表现，可能是子宫内出血，需要做超声检查，看看有没有液性暗区，看看有没有出血。在这个时候一定要注意卧床休息，不要到处乱跑，还要做孕酮检查，口服黄体酮。需要密切监测阴道出血和腹痛的缓解，如果出血持续增加，可能会导致流产。
怀孕初期肚子隐隐作痛是正常的现象，是由于子宫在胚胎发育过程中逐渐变大，导致子宫韧带受到牵拉而引起的疼痛症状。其次由于激素水平发生改变，很多孕妇也会出现肚子疼痛、不舒服的现象。
一般来说，怀孕初期右侧小腹偶尔隐隐作痛可能是急性阑尾炎、子宫增大等导致的。
如果是因为急性阑尾炎，会导致炎症的蔓延，严重影响胎儿的生长。也有可能是因为子宫增大，导致盆腔内韧带受到牵拉，这种情况在怀孕后期会比较明显。另外，由于盆腔包块，特别是子宫肌瘤，会导致妊娠时的子宫肌瘤出现红色变性。在怀孕的早期，胎儿是非常不稳定的。