怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
孕检发现，需要观察到孕12周，看囊肿大小有无变化。怀孕之后可以合并黄体囊肿，而黄体囊肿会随着妊娠周数的增大自行缩小甚至消失。孕12周可以根据囊肿的大小、性质、部位、孕妈及家属的意见来决定。对于直径大于8厘米的囊肿，在孕16-20周，采用手术治疗。
胎儿的右侧是有囊肿的情况，同时需要做进一步的检查，查明是什么原因引起的，再对症下药。孕早期出现附件区囊肿也是和很常见现象的，所以不用过于担心的，而且一般孕3个月左右，这个囊肿就可以自行破裂消失的。
孕妇体内的雌激素和孕激素水平会改变，从而导致生理性的卵巢囊肿，在妊娠前没有，在妊娠后会出现，多半是生理性的卵巢囊肿。
正常情况下，只要不超过3cm，就不需要做特别的处理，因为右侧卵巢囊肿会自动消失，所以要定期做B超检查，以了解囊肿的发育；如果右侧囊肿大于5cm，那么卵巢囊肿有可能会对子宫造成挤压，从而影响到胎儿的生长。
女性在孕期出现的右侧卵巢囊肿，如果囊肿的体积不超过4cm，就是生理性囊肿，因为妊娠后雌激素和孕激素的水平出现了变化，所以出现了黄体囊肿或黄素化囊肿。
如果是在妊娠之前就有，但是怀孕后生长速度加快，囊肿体积增大，那么就有可能是病理性的囊肿，这种情况下要根据B超判断囊肿的性质，5cm以上的良性和恶性囊肿都要做手术。
妊娠发现卵巢囊肿，它的治疗要视孕期迟早而定、包块的尺寸及属性，及病人是否有病症。
早孕期间囊肿嵌在盆腔内，可导致流产，中期妊娠易合并蒂扭转，晚期妊娠，如果肿瘤很大就会引起胎位异常，分娩时会导致肿瘤破裂，如果肿瘤位置偏低，会梗阻产道，造成难产。
早孕并发卵巢囊肿，如在怀孕早期，卵巢囊肿直径在6厘米以下，可多为妊娠所致生理性囊肿，这类通常可在不治疗的情况下自然消退。如果囊肿一直延续到孕中期，未见萎缩，但亦不会增加，亦可在产后再行治疗。如果卵巢囊肿呈扩大趋势，或对恶性可能有较高疑虑者立即手术治疗。若妊娠期卵巢囊肿蒂扭转，还需马上做手术。