怀孕初期上厕所擦到褐色分泌物可能是生理性原因引起的，也可能是病理性原因引起的。
孕妇在妊娠早期如果出现阴道有棕色的分泌物，可能是有先兆流产引起的。女性出现月经不正常的情况下，女性在停经40多日后要去医院抽血化验人绒毛膜促性腺激素和孕酮，同时还要进行阴式超声波检查，首先要明确下宫内妊娠，排除下宫外孕，出现腹部疼痛、腰部疼痛等症状。如果是这样的话，可以留在家里养伤，但是一定要卧床，避免食用鸡肉，肉类，油炸，烧烤等。
怀孕初期，出现淡褐色的分泌物，有可能是由于着床以后出现子宫内膜少量的破裂出血，持续2-3天就会干净的，这是正常的现象可以不需要治疗。但是，如果是生化妊娠、宫外孕还有葡萄胎，在怀孕以后也会出现淡褐色的分泌物，也就是少量的阴道流血，如果出现这些情况是必须尽快到医院做B超检查。
怀孕初期有浅褐色分泌物可能是阴道出血的表现。
如果孕妇早期出现淡棕色的分泌物，说明有少量的阴道流血。这可能是先兆流产、自然流产、生化妊娠、子宫外孕等情况引起的。首先要考虑是否有宫外孕，如果不是，则可能是先兆流产，也有个别的是自然流产和化学怀孕。还有一些女性患有子宫颈疾病，需要做HCG、黄体酮等检查，再做B超检查来明确诊断。
如果在怀孕初期出现了褐色分泌物，有可能是因为受精卵着床而出现的正常现象，也有可能是先兆流产的征兆。如果褐色分泌物量不大且没有腹痛的症状的话，则是由于受精卵在宫腔内着床导致血管破裂而出现的正常现象。孕妇不必担心。如果褐色分泌物较多且伴随着腹痛的情况出现，则可能是先兆流产的征兆，需要到医院检查下孕酮，如果孕酮偏低，就说明有流产的迹象。建议孕妇在医生的指导下积极进行保胎治疗。
怀孕初期分泌物褐色可能是先兆流产或者是盛胎。
先兆流产通常在妊娠早期有少量阴道出血，颜色为深红色，无组织状物排出。随后，可能出现小腹痛或腰痛。这一考虑是，应及时治疗先兆流产。这是一种病理状态，必须及时就医，如注射孕酮。另一种是怀孕后，月经仍然像月经一样，量少，时间相对较短。没有其他症状。胎儿长大后，大约三个月后就会好起来，然后逐渐消失。
怀孕初期褐色分泌物可能是集体性基础激素代谢水平的影响。
孕妇在孕期的初期会有褐色分泌物，这可能是集体性基础激素代谢水平的影响。子宫体会随着胚胎的发育而增大，从而引起子宫肌纤维肥大，同时还会增生间质血管淋巴管和雌激素，随着孕期的增加，子宫有可能会发生不规律假性收缩，或者可能刺激子宫峡部，从而导致子宫颈管腺体增生，出现分泌旺盛，黏液变稠的情况。在怀孕初期要多注意多休息，不要过度疲劳，不要有性生活。