妇女孕中、晚期查彩超时，胎儿颅内囊肿明显，此时应考虑羊水穿刺以进一步诊断囊肿性质。
若是真的羊水穿刺不正常，同时考虑到胎儿畸形的话，那么就要尽早引产来终止妊娠了，毕竟胎儿畸形生产分娩之后痊愈的可能性相对较小，并且费用也是特别大的。如胎儿颅内囊肿相对较小，羊水穿刺正常，则可考虑继续怀孕，同时追踪复查彩超观察囊肿大小改变。
颅内有囊肿可手术切除，脑囊肿是指脑组织与其附属物形成囊性肿物，并产生不同程度的脑压症状的病症，脑囊肿属良性赘物，因其体积庞大产生对脑压迫，形成脑的占位病变之一，在占位性病变形成期，脑组织受到囊肿体积胀大压迫，产生系列性的压迫性。
建议家长带孩子去医院做检查，一般较小的单纯肾囊肿生长缓慢，对肾功能的影响不大，只需要定期观察复查即可，但是对于直径超过4厘米的单纯肾囊肿或者囊肿，需要进行手术治疗。单纯肾囊肿需要手术治疗，第一种表现为腰腹疼痛不适或者心理压力过大。
二是囊肿直径大于4cm，或近期系统明显增大。
三是囊肿压迫，肾积水或囊肿引发出血、感染、破裂等病变。
四，有可能是癌症患者。
肾囊肿随着胎龄的增长，有可能完全恢复，对胎儿的生长发育没有影响。孕妇保持平和心态，建立健康的生活方式，定期产检，在B超下监测胎儿囊肿的变化，如果囊肿没有继续增大，不需要特殊治疗。
女性如果在检查发现胎儿头部有囊肿，但是这囊肿小于一厘米以下，可以考虑半个月后，看囊肿的增长大小。但如果囊肿明显增大，就应该考虑做羊水穿刺来进一步确诊囊肿性质，如果羊水穿刺出现染色体异常，就应该考虑尽快住院进行引产。
如果胎儿的大脑有囊肿，那实际上是非常严重的情况，胎儿会因为大脑发育异常而流产，因此具体情况应由医生判断，有经验的医生可以判断囊肿是良性还是恶性，事实上，新生儿脑瘤是一种比较常见的疾病，只要治疗好，许多儿童还能恢复健康，但这仍然取决于每个家庭的实际经济状况。