阴茎短小中医是不能治疗的，阴茎短小与遗传、肥胖等有关系，还有人是后天外伤等原因造成的，成年男性阴茎勃起后超过10厘米就属于正常的，不要过于担心，实在短小，还是可以做阴茎延长术进行治疗的。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
中医对于阴茎短小并没有什么效果，因为阴茎短小属于先天发育不良，通过中药治疗也不可以后天继续发育阴茎的长度，如果勃起后短于八厘米，就属于阴茎短小，可以通过手术来矫正，除此之外没有更好的方法。
可以到专业的中医院找中医把脉，综合舌苔和脉象，在药师和医师的指导下应用益精填髓，补中益气的药物进行调理。生殖器发育异常，中医所说肾精亏虚，肾气不固，西医多考虑阴茎海绵体发育异常和激素水平的下降。
假阴茎短小症：指阴茎在非勃起状态下，固然长度小于3cm，但在勃起状态下却能明显地延长、增粗2~3倍，且不影响性生活。潜伏阴茎：指阴茎虽貌似短小，但用手向后推压阴茎旁皮肤时，可露出正常大小的阴茎。
阴茎短小，中医一般认为肾元不足。指成年男子阴茎短而细小如未成年状，不能进行正常的性行为，因而也就没有生育能力。可伴见性欲淡漠，毛发不泽，发育欠佳，体倦易疲，舌质谈白，脉沉细。