如果尿道有分泌物，并且已经被诊断为细菌性阴道炎，可以通过静脉注射抗生素来治疗感染。治疗期约为7-10天。同时，外用药物也可以用来冲洗局部区域。其次，应注意当地卫生，经常更换内衣，并将内衣暴露在阳光下。
非淋菌性尿道炎的治疗就是要在治疗期间，除了配合医生的治疗之外，还要注意饮食，要保持良好的心态，平时洁身自爱，私生活不要过于混乱。预防感染应该做好隔离工作，避免传染给别人。
非淋菌性尿道炎是指除了淋球菌之外的致病菌引起的尿道感染，目前主要是指由支原体、衣原体感染引起的尿道炎，多数是通过不洁性接触引起的。治疗上需要敏感的消炎药物治疗。每天注意个人私自的卫生清洁，勤换洗内裤，而且治疗期间禁止性生活。
非淋菌性尿道炎是由淋球菌以外的病原微生物引起的尿道炎，具体需要看那种病院微生物引起，配合中药治疗，一般是清热解毒，同时注意休息，注意个人卫生。未康复之前不要性生活，以免互相传染。
临床的表现有着和尿道炎相似的表现，但是在分泌物中查不到淋球菌，细菌培养中也无法看到淋球菌的生长。治疗非淋菌性尿道炎，可以采用新型的合成抗菌药喹诺酮类，不仅仅对衣原体，支原体有效，对淋球菌也有高度的敏感作用。
保守治疗，以清热解毒、利湿通淋为主，辅以补肾固本、活血化瘀、扶正祛邪、提高免疫力的组方为主。每天都要保证足够的饮水量，通过增加排尿量对尿道进行冲刷，有效抑制病原菌的生长。