输尿管结石治疗方法要据病人的具体情况而决定。若结石体积较小、存在时间的短，输尿管及膀胱无梗阻、采取保守治疗便可将结石排出，如药物治疗、多饮水及适当运动等。而需手术治疗输尿管结石的适应症如下：输尿管、尿道或膀胱存在畸形或狭窄，即便结石体积小也需要手术治疗。
输尿管镜取石术发生并发症，穿破输尿管或者造成狭窄。结石直径超过1厘米或者是表面粗糙呈多角形正。结石嵌顿过久输尿管发生严重的梗阻及上尿路感染。需要开放手术取石。
输尿管结石手术后可以上班，对体力劳动比较轻的活动或者体育劳动比较轻的上班，以及脑力劳动的上班一般是不影响。而对重体力劳动，比如像搬运工作的人一般是不能上班，针对这些病人往往需要取出输尿管支架管之后才可以上班。进行重体力劳动时候可能会导致病人尿路刺激比较明显，从而导致病人出现血尿的症状。
输尿管结石的手术方式包括体外震波碎石、输尿管镜弹道碎石等，常见的手术后遗症有输尿管狭窄，手术操作过程中或碎石过程中，对黏膜会产生一定损伤，甚至导致疤痕形成，引起输尿管狭窄，血尿，术中操作损伤可引起出血，导致血尿的发生，残留结石，术中需用水保持视野清楚，在外力作用下易将结石冲到肾盂和集合系统内。
每个地方选择的麻醉方式、碎石的大小，以及有没有选择取石和结石封堵器械不一样。对于单纯的输尿管中下段结石，术中采用单道碎石，留置普通双J管，费用7000元-8000元就可以了。
能喝中药排结石。中药对于输尿管结石治疗有效果，但这是针对较小的输尿管结石比较有效果。输尿管结石如果大于5MM，就必须进行手术治疗，手术治疗分两种，一种是取石手术，另外一种是体外激光碎石手术。