膀胱结石的治疗以手术治疗为主，同时进行病因治疗、抗感染及对症治疗。手术的方法分为微创及开放手术两种类型。微创手术是经过尿道把碎石器械放到膀胱内，进行碎石，并把结石取出。微创手术有如下几种，大力碎石钳，用钳子把结石直接夹碎，适合于直径小于两厘米的结石。超声压弹道或者钬激光碎石。
膀胱结石的最佳治疗方法大体上两类，一类为手术取石，一类为非手术碎石，其中手术取石即传统的耻骨上膀胱切开取石术，另一类的非手术碎石则又可分为膀胱镜机械碎石大力钳碎石、液电效应碎石、超声碎石、弹道气压碎石等。
如果结石体积比较小，可以通过多饮水、多活动，甚至是做一些蹦跳的运动，让结石自行排出；如果结石体积比较大，需要选择介入手术的方式进行治疗，包括开放取石、激光碎石或者是体外碎石。
膀胱结石外科治疗的方法包括内腔镜手术、开放性手术和体外碎石术。内腔镜的治疗：经尿道膀胱镜结石的治疗方法是目前治疗膀胱结石主要的方法。方法的优点，它可以直观、直接的碎石；可以同时处理下尿路的梗阻性疾病，比如说尿道狭窄、前列腺增生。目前使用较多的是钬激光碎石术：一个是可以治疗结石；第二个可以治疗引起结石的其他的疾病，如尿道的狭窄、前列腺增生等情况。
如果结石单一，且个头不是特别大，采取经尿道的碎石的方法。根据结石的大小及数目来判断采取何种治疗方法。结石比较大，需要手术治疗。结石很小，可以多喝水，较小的结石可以排出。