肾结石做手术对身体的伤害不是很大，手术治疗是有创性操作，只要是有创性的操作，对身体都会有伤害。手术过程中还需要麻醉，麻醉对身体也是有伤害的，因此，肾结石手术对身体是有伤害的。
肾结石碎石的过程中，对肾脏有一定的伤害，但是伤害都比较小，一般问题不大，碎石几乎都会出现肉眼的血尿，血量的多少与碎石所用的能量成正比，还与人局部毛细血管的脆性有关，都是2-3次血尿，严重的2-3天之后血尿也会自行消失。
伤害不大的，但是如果不去做这个治疗，然后这个时候可以进一步增大，然后导致肾积水，然后肾功能下降，血肌酐升高，导致一侧肾脏萎缩的。非手术治疗一般采用中成药物的治疗。手术治疗有体外冲击波碎石、微创手术。多食菠菜、苋菜、空心菜、芥菜等。
肾结石如果大于零点五需要采用手术。手术分为四种方式：体外冲击波碎石、输尿管肾镜取石、经皮肾镜取石以及开放手术。选择何种手术方式，与患者结石大小以及部位有关系。
如果肾结石较大超过2个cm，此时就需要通过手术的方法进行治疗。另外，如果是多发的肾结石，也需要通过手术的方法进行治疗，如果结石在2cm以内，但是由于存在尿路梗阻，比如存在输尿管狭窄等一系列疾病，此时也需要通过手术的方法来进行治疗。
如果出现肾结石0.8cm，那就不用做手术了。
但如果不用药物或者体外冲击波碎石，通常无法自行排出。肾结石按位置分为上盏、中盏、下盏三种类型。对于不同类型的结石，需要采取不同的治疗方式。肾结石是在肾的上盏，可以多喝水，多运动，或者是体外冲击波碎石等。若结石在肾的下盏，且不会造成肾积水，则可作短暂的观察。
肾积水可通过经皮肾镜碎石或经尿道输尿管软镜下肾结石进行钬激光碎石治疗。