排肾结石最好的方法需要根据结石的大小以及部位进行确定。结石的措施有非手术治疗及手术治疗，较小的结石（小于0.6cm）可采用解除疼痛及促进结石排出的药物进行非手术治疗，小于0.4cm的结石绝大部分能自行排出.较大的输尿管上段结石或者肾结石可采用经皮肾镜碎石取石术或者体外冲击波碎石。如果发了癌变，需要做半侧泌尿系切除。
结石较小，在肾盂自由活动的，可以多饮水，作蹦跳活动，多能自行排出。如果结石坎顿在某个肾盏，对肾功能没有影响，可以不用处理。结石较大，并坎顿在肾盂输尿管连接部，伴有肾积水的，可选择体外碎石治疗、输尿管软镜碎石清石术、经皮肾镜碎石术。肾脏的铸形结石，则需要经皮肾镜碎石清石术手术治疗。
肾结石的治疗要根据结石的大小、位置来选择。对于6mm以下结石可以尝试口服排石药物；6mm到10mm的结石可以选择体外冲击波碎石治疗；10mm到20mm的结石可以选择输尿管软镜钬激光碎石治疗；20mm以上的结石软镜碎石效率太低，目前主要推荐经皮肾镜钬激光碎石，对于部分复杂的完全鹿角型结石也可以选择肾切开或肾盂切开取石，但是相应的手术创伤会明显增加。
要看肾结石有多大，如果小，可以配合消炎药物进行排除，可以通过配合多饮水、勤排尿及上述口服药物，结石大部分可以排除。还有一些大结石，尤其是大于1cm的结石，单用口服药物效果不好，需要配合体外冲击波碎石。部分患者一次碎石可能效果还不好，需要两次、三次碎石。
排肾结石的方法是，可以用中医排毒疗法能够改变人体的内在环境，排除血液内产生结石的有毒物质，去除其产生结石的物质基础，较大结石能使之溶化、破碎变小而排出体外，清除体内毒素后，由于净化了机体内环境，有效的防止了结石的再次发生和出现。