肾结石治疗方法常用的是手术治疗，手术治疗分为很多种。对于肾脏结石以及上尿路结石，一般通过经皮肾镜手术进行治疗，该手术的方法主要是在超声或者射线定位的情况下穿刺皮肤进入肾脏肾盂内，扩张建立通道，把肾镜经通道插入到肾盂内，在激光或者气压弹道的作用下，打碎结石。输尿管镜手术是经过尿道，膀胱，输尿管把输尿管镜送入结石的部位，将结石打碎。
一般通过经皮肾镜手术进行治疗，该手术的方法主要是在超声或者射线定位的情况下穿刺皮肤进入肾脏肾盂内，扩张建立通道，把肾镜经通道插入到肾盂内，在激光或者气压弹道的作用下，打碎结石。输尿管镜手术是经过尿道，膀胱，输尿管把输尿管镜送入结石的部位，将结石打碎。
开放性手术：兴起于80年代，是早期的肾结石手术治疗方式，常见的有肾盂切开取石、肾实质切开取石、输尿管切开取石等；微创碎石取石治疗：常见的有硬性输尿管镜碎石取石术、输尿管软镜碎石取石术、经皮肾镜碎石取石术等，是近几年较主流的手术治疗方式。
最常做的手术都是体外冲击波碎石术，一般不需要开刀，直接可以通过体外，用声波把石头打碎，打碎之后促进它的排出，还有一些如果手术处理不了的结石，可能会用到微创手术治疗。
表现为尿频、尿急、尿痛，还会出现腰痛等症状。最常做的手术是体外超声波碎石术，不需要开刀，直接通过体外，用声波把石头打碎，促进排出。还能手术治疗，如经皮肾镜微创取石，在腰背部切开皮肤1厘米，把穿刺针直接穿入肾脏，使用碎石机取石。
肾结石主要是由于各种原因引起来的，肾脏内出现类似于石头的物质这就成为肾结石。其实被肾结石的微创手术治疗就是在腰部开几个小口，然后进行体内碎石取出或者直接进行超声波的震碎，称为微创手术。