输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。要根据输尿管的具体位置来制定，一个是从腰部做切口，另一个是直接从尿道植入输尿管镜。也可以采用经皮肾镜碎石取石，这其中也包括气压弹道、超声碎石、钬激光这些媒介方式，输尿管下段的结石可以采用经尿道输尿管镜下碎石取石。
输尿管镜取石术发生并发症，穿破输尿管或者造成狭窄。结石直径超过1厘米或者是表面粗糙呈多角形正。结石嵌顿过久输尿管发生严重的梗阻及上尿路感染。需要开放手术取石。
输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。输尿管镜手术，通过输尿管软镜技术将输尿管或肾中结石取出，不适用于较大的结石；经皮肾镜手术，从腰上肾的部位打一个小孔，直到结石部位，通过特殊的器械和方法，把结石打碎，从小孔取出。体外冲击波碎石，又称微波碎石或震波碎石，是较常用的方法，具有花费小、损伤小、恢复快和费用低等优点。
输尿管结石微创手术方法，在输尿管尿道口尿道进入膀胱，然后沿着输尿管口插入导尿管中，直至输尿管结石的位置，在输尿管镜的指使下沿着通道插入钬激光光纤或者气压弹道设备，将结石打碎取出。
输尿管镜取石头一般一周就可以了输尿管结石做微创手术，如果医院里不需要等待，一般手术后三天就可以出院，术前一般有两天准备时间，大概住院需要5到7天就可以出院。
输尿管结石的手术方式包括体外震波碎石、输尿管镜弹道碎石等，常见的手术后遗症有输尿管狭窄，手术操作过程中或碎石过程中，对黏膜会产生一定损伤，甚至导致疤痕形成，引起输尿管狭窄，血尿，术中操作损伤可引起出血，导致血尿的发生，残留结石，术中需用水保持视野清楚，在外力作用下易将结石冲到肾盂和集合系统内。